员工工资不能抵扣进项税额。是否能抵扣，需要符合三个条件：

一、是一般纳税人；

二、取得抵扣凭证（专用发票的抵扣联）；

三、抵扣项目用于增值税应税业务；

很明显，员工工资没有抵扣凭证，所以不能抵扣。

一、增值税专用发票记账联丢失怎么办

增值税专用发票丢失的，应当于发现丢失当日书面报告税务机关。

纳税人同时丢失已开具增值税专用发票的发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。

纳税人丢失已开具增值税专用发票的抵扣联，可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭；纳税人丢失已开具增值税专用发票的发票联，可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证。

增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。

下列情形不得开具专用发票：

1、商业企业一般纳税人零售的烟、酒、食品、服装、鞋帽（不包括劳保专用部分）、化妆品等消费品不得开具专用发票；

2、销售免税货物不得开具专用发票，法律、法规及国家税务总局另有规定的除外。

二、一般纳税人销售自己使用过的固定资产

增值税一般纳税人销售自己使用过的固定资产，属于“纳税人购进或者自制固定资产时为小规模纳税人，认定为一般纳税人后销售该固定资产；增值税一般纳税人发生按简易办法征收增值税应税行为，销售其按照规定不得抵扣且未抵扣进项税额的固定资产”这两种情形的，可按简易办法依4%征收率减半征收增值税，同时不得开具增值税专用发票。

三、本月进项发票下个月初是否可以认证本月

可以在下个月抵扣，时间限制为360日。

1、增值税进项税发票的抵扣是看你认证的时间的，发票只要通过认证的，就可以抵扣。当月进行了认证下个月就可以抵扣。

2、当本月销项税额大于进项税额时，差额为本月实际应该缴纳的税金。如果当本月销项税额小于进项税额时，本月无需缴纳增值税，差额作为留抵税金，下月可以继续抵扣。

3、一般纳税人应纳税额为：应纳税额=销项税额-进项税额-上期留抵税额

4、增值税专用发票的认证期限原为180日，现已改为360日。