如果嫌疑犯．被告人在等待审查的时候有以下任何行为，公安机关可以根据具体情况没收一部分或者全部保证金：1、未经有关机关批准离开居住的市．县2、传达时没有及时到达事件3、妨碍证人作证4、毁灭．伪造证据或供述。《中华人民共和国刑事诉讼法》第56条等待审查的嫌疑犯。被告人应遵守以下规定：（1）未经执行机关批准不得离开居住的市．县（2）传达时立即发生事件（3）不得以任何形式干扰证人作证（4）不得破坏。伪造证据或供述。被保释候审的嫌疑．被告人违反前款规定，缴纳保证金的，没收保证金，区别情况，命令嫌疑犯．被告人后悔，再次缴纳保证金．提交保证人或监视居住．被逮捕。嫌疑犯．被告人在等待审查期间未违反前款规定的，等待审查结束时，必须退还保证金。《公安部关于保证金等待审查的规定》第11条嫌疑人在保证金等待审查期间违反刑事诉讼法第56条的规定，公安机关应根据其违法行为的情况，没收保证金的一部分或全部，区分情况，命令后悔。重新交付保证金。提交保证人，监视居住，委托人民检察院逮捕。

没收取保候审保证金的规定是怎样的

《公安机关办理刑事案件程序规定》

第九十六条

被取保候审人在取保候审期间违反本规定第八十九条、第九十条规定，已交纳保证金的，公安机关应当根据其违反规定的情节，决定没收部分或者全部保证金，并且区别情形，责令其具结悔过、重新交纳保证金、提出保证人，变更强制措施或者给予治安管理处罚；需要予以逮捕的，可以对其先行拘留。

人民法院、人民检察院决定取保候审的，被取保候审人违反应当遵守的规定，负责执行的派出所应当及时通知决定取保候审的机关。

第九十七条需要没收保证金的，应当经过严格审核后，报县级以上公安机关负责人批准，制作没收保证金决定书。

决定没收五万元以上保证金的，应当经设区的市一级以上公安机关负责人批准。

第九十八条

没收保证金的决定，公安机关应当在三日以内向被取保候审人宣读，并责令其在没收保证金决定书上签名、捺指印；被取保候审人在逃或者具有其他情形不能到场的，应当向其成年家属、法定代理人、辩护人或者单位、居住地的居民委员会、村民委员会宣布，由其成年家属、法定代理人、辩护人或者单位、居住地的居民委员会或者村民委员会的负责人在没收保证金决定书上签名。

被取保候审人或者其成年家属、法定代理人、辩护人或者单位、居民委员会、村民委员会负责人拒绝签名的，公安机关应当在没收保证金决定书上注明。

第九十九条

公安机关在宣读没收保证金决定书时，应当告知如果对没收保证金的决定不服，被取保候审人或者其法定代理人可以在五日以内向作出决定的公安机关申请复议。公安机关应当在收到复议申请后七日以内作出决定。

被取保候审人或者其法定代理人对复议决定不服的，可以在收到复议决定书后五日以内向上一级公安机关申请复核一次。上一级公安机关应当在收到复核申请后七日以内作出决定。对上级公安机关撤销或者变更没收保证金决定的，下级公安机关应当执行。

第一百条

没收保证金的决定已过复议期限，或者复议、复核后维持原决定或者变更没收保证金数额的，公安机关应当及时通知指定的银行将没收的保证金按照国家的有关规定上缴国库。人民法院、人民检察院决定取保候审的，还应当在三日以内通知决定取保候审的机关。

事实上，取保候审期间交保证金是为了约束当事人能够遵守法律规定，司法机关不能因为当事人被判定有罪就不退还保证金，因为当事人违反规定决定没收保证金的，应该向被取保候审人宣读没收保证金的决定。