根据上海地税局下发的《关于土地增值税清算管理有关问题的通知》，对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。

据中国证券报1月20日报道，1月19日获悉，上海市地方税务局1月5日下发了《关于土地增值税清算管理有关问题的通知》，对符合销售面积超过85%以上等条件的房地产开发项目，主管税务机关确定需要进行清算的，由主管税务机关下达《土地增值税清算通知书》，纳税人应在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。

根据国家税务总局印发的《土地增值税清算管理规程》的规定，有四类房地产项目，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。一是已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;二是取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的;三是纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;四是省(自治区、直辖市、计划单列市)税务机关规定的其他情况。

上海地税局《通知》指出，对于税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算;对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。应进行土地增值税清算的纳税人或经主管税务机关确定需要进行清算的纳税人，在上述规定的期限内拒不清算或不提供清算资料的，主管税务机关可依据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处理。

此外，上海地税局收到纳税人清算资料后，对符合清算条件的项目，且报送的清算资料完备的，予以受理;对纳税人符合清算条件、但报送的清算资料不全的，要求纳税人在15日内补报，纳税人在规定的期限内补齐清算资料后，予以受理;对不符合清算条件的项目，不予受理。主管税务机关已受理的清算申请，纳税人无正当理由不得撤销。

上海地税局还表示，主管税务机关受理纳税人清算资料后，应在30个工作日内完成清算审核工作。情况复杂的，经主管税务机关分管局领导批准，可以适当延长办理期限，但延长期限不超过15个工作日。