1、发生运输合同纠纷的，按以下情形确定法院管辖权：

（1）如果运输合同有约定的，按运输合同约定确定法院管辖权；

（2）如果运输合同没有约定的，由运输合同履行地或者被告地法院管辖。

2、法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条、第三十五条

一、货运合同纠纷起诉程序是怎样规定的

1、首先了解相关起诉的法律知识。一是通过一定的信息渠道，最好是向专业律师咨询，明确所遇到的问题通过诉讼能否解决，如果能通过诉讼解决，需要准备哪些相关的证据材料，自己或委托律师起诉或申请仲裁，在诉讼前应基本收集齐全证据材料，写好起诉书，准备证据清单及身份证复印件。向法院提起诉讼的，必须符合下列条件：

（1）原告是与本案有直接利害关系的公民，法人或其他组织；

（2）有明确的被告；

（3）有具体的诉讼请求和事实、理由；

（4）属于人民法院受理诉讼的范围和法院管辖。

向仲裁机构申请仲裁需事先约定解决争议的仲裁机构或发生纠纷后双方同意将争议提交仲裁机构的协议。

2、到享有合同纠纷管辖权的法院起诉。起诉审查、立案由立案庭(室)负责，立案庭受理后开具交费通知单，到银行交费，交费后持银行开具的交费凭据到法院的财务部门换诉讼费收据，然后再将该收据交立案窗口，至此立案完成。在起诉之前，原告为了执行的方便，也可以申请诉前财产保全。

3、立案后，法院的内勤将案件分到具体的承办法官。承办法官根据自己的时间安排，由书记员负责将起诉书送达被告或电话通知开庭时间或其它事项。被告应在收到起诉状副本后15日内提出答辩状。不提出答辩状的，不影响人民法院审理。

4、准备证据并注意法院的证据规则的规定。法院审理案件实行“谁主张、谁举证”的原则，举证不能，将承担败诉或审判结果与己不利的后果，法律另有规定的除外。如果当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集并已提出调取证据的申请和该证据线索的，法院可以根据当事人申请，依职权取证；当事人提出申请可由人民法院勘验或者委托鉴定。

5、法院确定的开庭时间和地点。所有诉讼参加人均应严格遵守，无正当理由不按时到庭的，不得再入庭参加诉讼。原告不到庭或未经法庭许可中途退庭的，按自动撤诉处理；被告不到庭或未经法庭许可中途退庭的，可以缺席判决。

6、开庭审理。民事、经济案件开庭审理的顺序为：核实双方当事人的身份及代理人身份、宣布合议庭组成人员及询问是否回避，然后开始审理。首先原告陈述事实，然后被告答辩，法庭调查、法庭辩论、法庭调解、最后陈述，然后休庭，一般不当庭宣判，等判决书做出来后通知当事人取判决，一般法院不宣读判决书，签字后自己看结果。适用普通程序审理的民事、经济案件，审限为6个月；有特殊情况需延长的，由法院院长批准，可延长6个月；还需延长的，报请上级法院批准。适用简易程序审理的案件，审限为3个月。目前一般的案件均适用简易程序，由一个审判员独任审理，三个月内结案。三个月不能审结的，转为普通程序。