对于婚姻存续期间购置的小产权房屋，法院会根据该小产权房的具体情况以不同的方式处理：

1、对于已被有权机关认定为违法建筑的，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。

2、对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用权归属做出处理。

3、在仅能处理使用权时，法院会向当事人释明并允许当事人变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用权时，能分割的进行分割，不能分割的进行折价补偿，房屋折价时可采用竞价方式确定价格。

一、小产权房有哪些产生原因

1、城市房价过高：中国许多大中城市的高房价是催生小产权房的重要原因之一。由于中国经济社会发展不平衡，若干大城市的房价长期快速上涨，远远超出了当时当地一般就业人员的收入水平。与此同时，政府经济适用房、廉租房的建设无法满足这些住房需求。小产权房存在着大量现实的购买群。

2、擦边球的空间：根据法律规定，在农村集体所有的宅基地和集体建设用地上，农民可以自行经营，而且农民自建的住房也是可以进行交易的。正是因为政策法律规定中存在很多模糊不清的地方，才导致了各地小产权房建设的泛滥，在合法与非法之间给小产权房留下了一个擦边球的空间。

3、农地制度不合理：小产权房是农民集体自发在其集体所有的集体建设用地和宅基地上建设的房产，不需要缴纳类似开发商为获取土地交给政府的土地使用权出让金（其中包括由政府出面征收农民集体土地支付的征地费用）；由村集体牵头开发，省去了基础设施配套费等市政建设费用及成本费。在这一开发过程中，农民集体通过出售小产权房获得的收益高于政府征收土地的补偿金额。

法律依据：

《城市房屋权属登记管理办法》

第二十六条规定：登记机关自受理登记申请之日起三十日内应当作出准予登记、暂缓登记、不予登记的决定，并书面通知权利人（申请人）。。若经登记机关审核，继承房屋的产权来源清楚，证件齐全，手续完备，公告又无异议，登记机关则根据《城市房屋权属登记管理办法》第二十七条规定，于受理登记后的两个月内核准登记，并颁发房屋权属证书，同时收回原房屋产权证。