然而，在立法上和诉讼实践中，对三者的功能界定并不清晰，甚至是混乱的。由此也导致了对此三个程序的运用刻板，时间设置不合理等问题。

(一)功能错乱。对于哪一些功能应当配置在哪一个程序，或者说哪一个程序应当解决哪一些问题，规定上混乱，应用上混杂。表现在：

第一，把质证的功能错误地配置在证据交换程序中。

质证是开庭的最重要的功能之一，应当在开庭时进行。最高法院的“证据规定”第四十七条规定：“证据应当在法庭上出示，由当事人质证。”明确了质证应当在法庭上(即开庭时)进行。另一方面，该规定第三十九条第二款规定：“在证据交换的过程中，审判人员对当事人无异议的事实、证据应当记录在卷;对有异议的证据，按照需要证明的事实分类记录在卷，并记载异议的理由。”虽然该款规定没有直接表明应对所交换的证据进行质证，但是，很多人认为，要分别无异议和有异议的证据，不通过质证显然是不可能做到的。还有观点认为，证据交换过程中的质证是针对证据的合法性、真实性，而开庭时的质证则应针对证据的关联性，即证据与待证事实的关联程度。然而，证据的“三性”是统一的、密切联系在一起的，将三者分割并安排在不同程序中进行质证，是不可行的。

第二，把证人作证错误安排在证据交换中进行。

“证据规定”第五十五条，一方面规定“证人应当出庭作证，接受当事人的质询”，另一方面规定“证人在人民法院组织双方当事人交换证据时出席陈述证言的，可视为出庭作证”。所谓“视为出庭作证”，明显是将证据交换和开庭混同了。证人作证，适宜在正式开庭时进行，不仅因为开庭才是查明事实的正式程序，而且因为证人作证除陈述证言外，更重要的是接受双方当事人的质询。把证人作证安排在开庭时进行，效果显然更好。

第三，庭前会议分解了部分开庭的功能。在我国，庭前会议目前还不是一个法定的程序，因此对可以在庭前会议解决的问题，还没有一个明晰的认识。有的法院借鉴了外国的做法，进行了庭前会议的尝试。尽管这种做法目前还没有法律依据，但是作为程序管理的工具，为开庭作一些准备，并无不可。问题是必须明确庭前会议的功能，哪一些问题可以在庭前会议上解决，哪一些不能。在一些普通法系国家，如加拿大、美国，可以在庭前会议上解决的问题十分广泛，但主要为开庭做准备，例如决定文件的真实性，整理证据和争点，界定开庭审理的问题。也可以解决庭前程序中的问题，如事实发现程序中的争议，管辖权争议等。然而，有些问题是被明确地排除在庭前会议的范围之外的。例如，一方当事人不能利用庭前会议窃取对方当事人开庭准备的信息;不能利用庭前会议作为发现事实的工具。更重要的是，庭前会议不能代替开庭审理。在我国尝试使用庭前会议的法院，都不同程度的分解了部分开庭的功能，例如质证。

(二)运用刻板。

开庭是审判程序的核心。由于我国没有设立有如普通法系国家的简易判决程序，因此开庭也是适用第一审普通程序审理民事案件的必经程序。证据交换，在普通法系国家作为一个必经程序设置，有其合理性。然而，根据最高法院“证据规定”，证据交换并非必经程序，仅在两种情形下使用，即当事人申请和证据较多、复杂疑难的案件。也就是说，对证据不多或者非复杂疑难案件，当事人没有申请的，可以不组织证据交换。这样的安排具有灵活性。的确，对于证据不多、案情简单的案件，证据可以在法院指定的举证期限内向法院提供，在开庭时出示并质证，在开庭前交换的必要性不大。这对于减轻当事人的讼累，缩短案件审理期限，节约诉讼成本，都具有一定的意义。至于庭前会议，更加没有必要作为每一个案件的必经程序。即使在其发源地的美国，庭前会议也仅用于复杂的案件，而不是所有案件。是否启用庭前会议程序，得视案件的具体情况而定。

然而，目前许多法院在运用证据交换和庭前会议时，显得过于刻板。所有案件，无论争议标的大小、证据多少、案情是否复杂疑难，一律安排证据交换。有的法院在证据交换后，随之召开庭前会议，对所交换的证据进行质证，然后是开庭审理。证据交换、庭前会议、开庭“三步曲”，在每一个案件一成不变地进行。

(三)时间设置不当。

审判实践中，有的法院在证据交换和庭前会议的时间安排上不合理。其通常做法是，立案之后即安排证据交换的时间，通知当事人参加。证据交换之后，询问当事人是否有需要提交反驳证据。若有，则安排第二次证据交换;若无，则接着召开庭前会议，或者开庭。这样的安排，使得当事人没有充足的时间仔细消化其所收到的对方的证据，准备质证意见和辩论意见。证据交换和开庭，在时间上没有明确的界限，在功能上相混淆。在证据交换之后接着开庭，实际上与当庭举证没有区别，在很大程度上没有达到设置证据交换程序的初衷和目的。

对于庭前会议，由于对其功能的认识模糊，因此在时间设置上也不尽合理。在证据交换之后紧接着召开庭前会议，由于没有给予当事人准备的充足时间，因此，对实现庭前会议为开庭做准备的功能，如决定文件的真实性，整理证据和争点，界定开庭审理的问题，无疑将受到削弱。