(一)竞争乱象风险

由于第三方支付企业同质性较强，竞争激励，行业利润率不高，为了获取更大的利润率，一些第三方支付平台开始转向淫秽和赌博等网站获取收益，成为网络赌博中赌资流转的一个主要渠道。

(二)沉淀资金存在风险

由于买卖双方在通过第三方支付系统交易过程中资金收付存在时间差，造成资金沉淀在第三方网上支付机构，并且沉淀资金随着业务量的扩展将会非常庞大，而按照我国《商业银行法》的规定，禁止任何个人或者机构“非法吸收公众存款、变相吸收公众存款”。《非金融机构支付服务管理办法实施细则》虽然规定每个第三方支付企业需要交纳一定的保证金，从一定程度上，降低了客户在途资金的风险，但如果第三方支付机构发生经营危机，仍有可能引发系统性支付风险。同时部分第三方支付在银行开设了专门的无息账户保存这笔资金，而大多数企业未设置专门的无息账户，有的甚至把这笔资金产生的利息作为主要的收入来源。

(三)洗钱和信用卡恶意套现风险

由于第三方网上支付机构对交易双方的身份认证难以确切核实，不掌握交易的因果性，很难辨别资金的真实来源和去向，如果缺乏严格的风险预警和控制机制，第三方网上支付系统很可能成为不法分子非法转移资金、套取现金及洗钱的便利工具。此外，许多信用卡支持虚拟账户充值功能，买卖双方可以通过制造虚假交易，利用第三方网上支付系统由付款方通过信用卡透支消费，收款方收到款项后提现，从而规避有关的利息费用，无偿占用银行的信用资金，而且这笔贷款无任何使用限制，存在极大的安全隐患。

(四)个人隐私和消费者权益保护风险

互联网的虚拟性、开放性、技术性、数字化等是网络隐私安全问题产生的最重要根源。由于从事网络活动而留下的信息具有一定的商业价值，因此网络环境下的个人资料就具有了隐私权和财产权的双重属性，一旦资料被泄露并被不法分子利用，就有可能造成严重的经济损失。

(五)第三方网上支付系统安全风险

第三方网上支付系统是以开放的互联网为依托，通过网络进行数据传输和存储，因此容易遭受病毒和黑客的恶意攻击，出现假冒客户身份、非法窃取或篡改支付信息等问题。网上支付的安全问题一直是电子商务发展的瓶颈，在缺乏必要的安全防范措施情况下，攻击者可以通过修改互联网传输中的支付数据，如修改付款银行卡号或密码、支付金额、收款人账号等，通过互联网进行消费或套现等，达到非法谋利目的。

(六)经营风险

向接入商家收取手续费的固定盈利模式是第三方支付平台快速发展的基础，多年来一直仅限于此种盈利模式。由于第三方支付必须要走银行通道，成本受制于银行，市场受制于银-联，一些金融衍生品和用户经营受国家政策管制，金融创新举步维艰。同质化的经营，导致价格战升级，企业往往使用非常规的竞争手段以争夺更多市场份额，忽视了产品创新和增值服务，进一步挤压了支付市场有限的盈利空间，这使得国内第三方支付企业几乎没有持续的盈利能力，就难以为用户提供持续、稳定、安全的服务。同时随着银行间竞争的加剧，部分银行业与第三方企业联手或独自进入电子支付领域，使得第三方支付企业生存更加艰难。