一、行政机关如何做出行政许可决定的

行政机关对申请许可的事项依法进行审查，申请人的申请符合法定条件、标准的，行政机关应当依法作出准予行政许可的书面决定。行政机关依法作出不予行政许可的书面决定的，应当说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。

《行政诉讼法》第十二条

人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：

（一）对行政拘留、暂扣或者吊销许可证和执照、责令停产停业、没收违法所得、没收非法财物、罚款、警告等行政处罚不服的；

（二）对限制人身自由或者对财产的查封、扣押、冻结等行政强制措施和行政强制执行不服的；

（三）申请行政许可，行政机关拒绝或者在法定期限内不予答复，或者对行政机关作出的有关行政许可的其他决定不服的；

二、已做出的行政处罚决定如何收回

已做出的行政处罚决定可以这样收回：如果被处罚人对行政机关作出的处罚决定不服的，可以申请行政复议，一旦复议事项成立，是可以撤销行政处罚决定的。

《行政复议法》第二十八条

行政复议机关负责法制工作的机构应当对被申请人作出的具体行政行为进行审查，提出意见，经行政复议机关的负责人同意或者集体讨论通过后，按照下列规定作出行政复议决定：

（一）具体行政行为认定事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当的，决定维持；

（三）具体行政行为有下列情形之一的，决定撤销、变更或者确认该具体行政行为违法；决定撤销或者确认该具体行政行为违法的，可以责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为：

1.主要事实不清、证据不足的；

2.适用依据错误的；

3.违反法定程序的；

4.超越或者滥用职权的；

5.具体行政行为明显不当的。

（四）被申请人不按照本法第二十三条的规定提出书面答复、提交当初作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料的，视为该具体行政行为没有证据、依据，决定撤销该具体行政行为。

三、行政机关是如何收取和管理行政许可费用的？

行政机关收取行政许可费用依照《行政许可法》的规定，按照公布的法定项目和标准收费；所收取的费用必须全部上缴国库。行政事业性收费项目和收费标准，必须按隶属关系分别报相关各级部门审批，重要的报国务院审批。

《乡镇企业负担监督管理办法》第五条

向乡镇企业的行政事业性收费项目和收费标准，必须按隶属关系分别报财政部、国家计委或省、自治区、直辖市人民政府审批，重要的报国务院审批。各省、自治区、直辖市人民政府审批的收费项目和收费标准，必须分别征得财政部和国家计委同意。

向乡镇企业收取行政事业性收费，必须出示物价部门核发的收费许可证，并填写企业交费登记卡，按照财务隶属关系分别使用财政部或省、自治区、直辖市人民政府财政部门统一制发的行政事业性收费票据。

《中华人民共和国行政诉讼法》（2017修正）：第二章　受案范围　　第十二条　人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：\n（一）对行政拘留、暂扣或者吊销许可证和执照、责令停产停业、没收违法所得、没收非法财物、罚款、警告等行政处罚不服的；\n（二）对限制人身自由或者对财产的查封、扣押、冻结等行政强制措施和行政强制执行不服的；\n　　（三）申请行政许可，行政机关拒绝或者在法定期限内不予答复，或者对行政机关作出的有关行政许可的其他决定不服的；\n（四）对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的决定不服的；\n（五）对征收、征用决定及其补偿决定不服的；\n（六）申请行政机关履行保护人身权、财产权等合法权益的法定职责，行政机关拒绝履行或者不予答复的；\n（七）认为行政机关侵犯其经营自主权或者农村土地承包经营权、农村土地经营权的；\n（八）认为行政机关滥用行政权力排除或者限制竞争的；\n（九）认为行政机关违法集资、摊派费用或者违法要求履行其他义务的；\n（十）认为行政机关没有依法支付抚恤金、最低生活保障待遇或者社会保险待遇的；\n（十一）认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的；\n（十二）认为行政机关侵犯其他人身权、财产权等合法权益的。\n除前款规定外，人民法院受理法律、法规规定可以提起诉讼的其他行政案件。