1、不符合独立交易原则多付的利息不得税前扣除

企业与其关联方之间的融通资金不符合独立交易原则而减少企业应纳税所得额的，税务机关有权在该业务发生的纳税年度起10年内，按照合理方法进行调整。

企业与其关联方之间融通资金属于关联交易，应当符合独立交易原则。企业与其关联方之间的融通资金不符合独立交易原则而减少企业应纳税所得额的，税务机关有权在该业务发生的纳税年度起10年内，按照可比非受控价格法和成本加成法等合理方法进行调整。可比非受控价格法以非关联方之间进行的与关联交易相同或类似业务活动所收取的价格作为关联交易的公平成交价格。成本加成法以关联交易发生的合理成本加上可比非关联交易毛利作为关联交易的公平成交价格。

例如：某企业向其关联方A公司借款5000万元，利率为8%，而同期银行贷款利率为6%，则不得税前扣除的利息支出=5000×(8%-6%)=100(万元)，企业应调增应税所得。

如果企业没有正确地进行税务处理，税务机关进行转让定价调整后，企业将面临3大涉税义务：支付加收的利息、按期缴纳税款和支付税收滞纳金。对特别纳税调整应补征的税款，企业逾期不申请延期又不缴纳税款的，在加收滞纳金的同时是否还要加收利息，《特别纳税调整实施办法(试行)》并没有明确规定。笔者的意见是不应再加收利息，从而避免对企业的一项违法行为实施双重处罚。

2、债资比例超过规定标准的利息原则上不允许税前扣除

债资比例超过规定标准不得税前扣除的利息支出，应按照实际支付给各关联方利息占关联方利息总额的比例，在各关联方之间进行分配。企业资金的筹集分为权益资金和债务资金的筹集两种方式。相应地，投资人的对外投资也可以分为权益性投资和债权性投资两种方式。

企业从其关联方接受的债权性投资与权益性投资的比例超过规定标准(金融企业5∶1，其他企业2∶1)而发生的利息支出，原则上是不允许税前扣除的。

债资比例超过规定标准不得税前扣除的利息支出=年度实际支付的全部关联方利息×(1-标准比例/关联债资比例)。关联债资比例=年度各月平均关联债权投资之和/年度各月平均权益投资之和。

需要特别指出的是，公式中“年度实际支付的全部关联方利息”不应包括不符合独立交易原则多付的利息，因其已经先行作为不得税前扣除的利息处理，不应再作为计算基数来计算另一项不得税前扣除利息。这一点税法规定尚不明确，需要企业与税务机关进行沟通。

3、投资者未到位投资所对应的利息不允许税前扣除

如果企业投资者在规定期限内未缴足其应缴资本额，则该企业对外借款所发生的利息中相当于投资者实缴资本额与在规定期限内应缴资本额的差额应计付的利息，因不属于企业合理的支出，应由企业投资者负担，所以是不得在计算企业应纳税所得额时扣除的。

具体计算不得扣除的利息时，应以企业1个年度内每一账面实收资本与借款余额保持不变的期间作为1个计算期，企业每一计算期不得扣除的借款利息=该期间借款利息额×该期间未缴足注册资本额÷该期间借款额。企业1个年度内不得扣除的借款利息总额为该年度内每一计算期不得扣除的借款利息额之和。

如果企业同时存在3种不得扣除的利息支出，那么公式中“该期间借款利息额”应是利息支出总额扣除“不符合独立交易原则多付的利息”和“债资比例超过规定标准的利息支出”后的余额。也就是说不能把前两项计算出的不得税前扣除的利息，再作为计算基数计算下一项不得税前扣除的利息，这种计算方法既不科学也不合理。

当然这样在计算上就更为复杂，这有待税务机关今后予以明确。