民办非企业单位注销时，注册资金处理：1、在清偿完所有债务（包括员工工资，物业费用等）后可以返回在帐的剩余资金。2、注册资金必须在公司注销前取出来并销户。民办非企业单位举办者对其投入的资产不再拥有财产权和处置权。剩余财产的处理，应当接受业务主管单位、登记管理机关和其他有关机关的监督。

一、公司的注册资金可以退吗

不可以退，如果擅自撤走注册资金属于抽逃出资，将会被处以所抽逃出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款。但是注册资金在公司注销清偿完所有债务后有剩余的，剩余资金可以返还。

二、免税资格规定

（一）依照国家有关法律法规设立或登记的事业单位、社会团体、基金会、民办非企业单位、宗教活动场所以及财政部、国家税务总局认定的其他组织；（二）从事公益性或者非营利性活动；（三）取得的收入除用于与该组织有关的、合理的支出外，全部用于登记核定或者章程规定的公益性或者非营利性事业；（四）财产及其利息不用于分配，但不包括合理的工资薪金支出；（五）按照登记核定或者章程规定，该组织注销后的剩余财产用于公益性或者非营利性目的，或者由登记管理机关转赠给与该组织性质、宗旨相同的组织，并向社会公告；（六）投入人对投入该组织的财产不保留或者享有任何财产权利，本款所称投入人是指除各级人民政府及其部门外的法人、自然人和其他组织；（七）工作人员工资福利开支控制在规定的比例内，不变相分配该组织的财产，其中：工作人员平均工资薪金水平不得超过上年度税务登记所在地人均工资水平的两倍，工作人员福利按照国家有关规定执行；（八）除当年新设立或登记的事业单位、社会团体、基金会及民办非企业单位外，事业单位、社会团体、基金会及民办非企业单位申请前年度的检查结论为“合格”；（九）对取得的应纳税收入及其有关的成本、费用、损失应与免税收入及其有关的成本、费用、损失分别核算。

三、公司注销后原有债务怎么处理

公司注销后债务并不因此而消灭，公司注销前必须先经过清算，并在清偿所有债务后，将公司剩余财产分配给公司股东。

公司注册资金不到位，出资不足的、虚报注册资本。如果实际到位的注册资金，没有达到关于公司注册资金的最低标准要求，使公司的法律人格未能合法产生的，由股东承担连带清偿责任。

如果实际到位的注册资金，达到了关于公司注册资金的最低要求，股东对差额部分承担赔偿责任。若未经合法清算即注销了，导致公司无法进行清算，债权人主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任的，人民法院应依法予支持。