第一：依据的法律不同

软件的著作权保护依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》。

软件的专利保护依据《专利法》。

第二：保护原则不同

软件著作权是在软件创作完成后自动产生的，也是自愿进行软件著作权登记，登记的目的是体现公证的效力，主要用于声明著作权权属，同时使后续维权时的证据力度更大。

软件专利则必须向专利局提出申请才能获得保护，因此必须要积极申请，且专利制度也是以“用公开换保护”为原则。

第三：保护客体不同

软件著作权申请提交的资料是源代码及用户操作手册，所以软件著作权保护的是表现形式，不保护思想。

这样就有可能出现竞争对手将你的软件进行研究，然后改变编程语言，达到的结果是一样的，但由于代码不相同，所以不侵犯著作权。

软件专利则不同，在申请时描述的是软件的设计构思，包含了软件流程图的内容，而不是主要说明采用哪种程序语言实现。一旦获权后，他人只要采用了软件专利的设计构思或方案，就可能构成侵权。

一、软件著作权有什么限制？

对于著作权人的权利，法律上通常予以一定限制，以平衡著作权人的局部利益与社会的整体利益。对软件著作权的限制主要是：

1、时间限制：软件开发者的开发者身份权保护期不受限制。软件著作权的其他权利保护期为25年，截止于软件首次发表后第25年的12月31日，保护期满前，软件著作权人可以向软件登记机构申请续展25年，但保护期最长不超过50年。因继承或单位分立、合并等法律行为使著作权人主体发生合法变更时，不改变相应软件著作权的保护期。因依法签订使用权或使用权许可合同而转让有关权利时，转让活动的发生不改变有关软件著作权的保护期。当拥有软件著作权的单位终止或拥有软件著作权的公民死亡而无合法继承者时，除开发者身份权外，有关软件的其他各项权利在保护期满之前进入公有领域。

2、在保护期内，因课堂教学、科学研究、国家机构执行公务等非商业性目的的需要对软件进行少量复制，可以不经软件著作权人同意，不向其支付报酬。

3、软件著作权人不得损害公众利益，违反其他法律。

4、软件复制品合法持有人，在不经该软件著作权人同意的情况下，可以根据使用的需要把该软件装入计算机内，制作备份复制品，进行必要的修改等。