如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。

一、员工自离不结算工资是否合法吗

根据我国法律规定，如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。

如果是给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资：

1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉。

2、可以申请劳动仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。

二、厂里扣员工工资是否合法

不合法。根据相关的《劳动法》规定，公司是不能克扣员工的工资，也就是说，工资应该按照规定的时期，以货币支付给劳动者本人，不能克扣或是无故的拖欠员工的工资。

但是，有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

（１）用人单位代扣代缴的个人所得税；

（２）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

（３）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

（４）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

三、自离没工资合法吗

自离不发工资是违法的也是不合理的行为。如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。如果单位拒不支付工资的，员工可以向劳动局申请劳动仲裁。如果是给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资：其一是劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉。其二是可以到当地劳动局申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。如果是给个人工作，不算劳动关系，可以直接去法院起诉该个人老板，要求支付劳动报酬。不论员工是自动离职、合同到期离职还是被公司辞退哪一种情况，单位都必须要按照相关的制度规定给员工发放工资，时间长度不得超过五十天，否则属于恶意拖欠，员工有权向单位要求。如果单位拒不支付员工报酬或者恶意克扣的，员工应及时向劳动局申请劳动仲裁依法维权。