犯本罪的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。关于非法进行节育手术罪的立案追诉标准规定《立案追诉标准（一）》第五十八条规定：未取得医生执业资格的人擅自为他人进行节育复通手术、假节育手术、终止妊娠手术或者摘取宫内节育器，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：

（一）造成就诊人轻伤、重伤、死亡或者感染艾滋病、病毒性肝炎等难以治愈的疾病的；

（二）非法进行节育复通手术、假节育手术、终止妊娠手术或者摘取宫内节育器五人次以上的；

（三）致使他人超计划生育的；

（四）非法进行选择性别的终止妊娠手术的；

（五）非法获利累计五千元以上的；

（六）其他情节严重的情形。非法进行节育手术罪一方面严重损害国家的计划生育基本国策，另一方面严重损害就诊人生命健康，必须予以打击。本罪的立案追诉标准主要从罪状规定的＂情节严重＂角度作出了规定：一是造成就诊人轻伤、重伤、死亡或者感染艾滋病、病毒性肝炎等难以治愈的疾病的。本罪发生于非法进行节育复通手术、假节育手术、终止妊娠手术或者摘取宫内节育器过程中，如果就诊人因此而出现轻伤、重伤、死亡或者感染艾滋病、病毒性肝炎等难以治愈的疾病的，应予立案追诉。二是非法进行节育复通手术、假节育手术、终止妊娠手术或者摘取宫内节育器5人次以上的。由于本罪以情节严重为构成要件，《立案追诉标准（一）》的第二项从人数和次数角度上作出了规定。三是致使他人超计划生育的。非法进行节育复通手术、假节育手术或者摘取宫内节育器致使他人超计划生育的，违背了国家的计划生育基本国策，当属于情节严重，应予立案追诉。四是非法进行选择性别的终止妊娠手术的。选择性别的终止妊娠手术一方面违背了国家的计划生育基本国策，将造成出生人口性别比失调，另一方面对于孕妇存在潜在的危险，此种情形当属于情节严重，应予立案追诉。五是非法获利累计5000元以上的。非法进行节育手术的行为人往往具有营利目的，非法获利的多少也可以反映其情节严重程度。5000元的标准是综合参考了类似犯罪的数额标准加以规定的。六是其他情节严重的情形。为弥补列举式规定的不足，适应司法实践的需要，此处规定了兜底性条款。