司法确认适用于工程款纠纷。《中华人民共和国人民调停法》第33条，经人民调停委员会调停达成调停协议后，双方当事人认为有必要，调停协议生效日起30天内可向人民法院申请司法确认，人民法院应立即审查调停协议，依法确认调停协议的效力。人民法院依法确认调解协议有效，若一方当事人拒不履行或未全部履行，对方当事人可向人民法院申请强制执行。人民法院依法确认调解协议无效的，当事人可以通过人民调解方式变更原调解协议或者达成新的调解协议，也可以向人民法院提起诉讼。《最高人民法院关于人民调停协议司法确认程序的一些规定》第四条规定，如果有以下情况之一，人民法院不受理：（1）不属于人民法院受理民事案件的范围，或者不属于受理申请的人民法院管辖的；（2）确认身份关系的；（3）确认收养关系的；（4）确认婚姻关系的；工程款纠纷不属于上述法院不受理的范围，所以司法确认是否适用于工程款纠纷。

司法如何应对工程款纠纷八大疑难问题

自2004年开始三年内解决全国范围内的拖欠工程款、这是国务院94号文件的明确要求，用司法手段解决拖欠工程款则是解决工程款拖欠最重要最有效的手段。律师办理有关建设工程合同纠纷案件，绝大多数是工程款案件或与工程款有关的案件，某种意义上说，解决工程款拖欠以及相关的法律问题，正是当前律师办理工程纠纷案件的第一要务。同时，由于建设工程合同本身的复杂性，导致相当多的工程款纠纷案件会遇到各种各样的疑难、复杂的法律问题，许多案件成为久拖不决，久拖难决的积案、悬案。面对工程款诉讼案件，律师在办案过程中尽管刻苦用心、绞尽脑汁，但由于我国整个建设工程的立法框架对工程款问题的调控办法相对薄弱，法律、法规层面的立法严重缺乏操作性条款，以致出现两大障碍性难题。首先，法官判案难以援引有针对性的法条。本人曾查阅最高人民法院审理有关建设工程案件的判决书。2001年，最高院下判了24个有关建设工程的二审案件，竟没有一个案件援引《建筑法》下判。第二，法官的自由裁量权太大。相同的、相类似的案件，各地、各级人民法院判法各不相同，同样是垫资承建工程，有的法院判有效，有的则判无效。在工程案件审理中的司法严重不统一已构成色彩斑斓的司法奇观，这不仅是律师办案难解的迷惘，也是法的天平失衡和当事人的合法权益难以得到公平保护的建设领域中的司法难题。

早在两年之前，最高人民法院就着手解题，准备给出一个统一的司法答案。经过无数次的研讨、论证和反复的修改、完善，最高院《关于审理建设工程合同施工纠纷案件适用法律若干问题的解释（讨论稿）》（下称司法解释）很快将正式出台施行，有关工程款纠纷的处理以及其中一系列疑难复杂的法律问题终将有统一的执法标准和尺度。纵观该司法解释的全文，有关工程款的结算标准和解决工程款拖欠的条文占了相当的比例，对矛盾突出的疑难问题给出了明确的司法解释。司法解释对于规范建设工程纠纷案件的准确审理，对于完善和推进建设工程的立法都具有重要的现实意义和推进作用。

笔者认为：建设工程合同纠纷中有关工程款纠纷案件，在目前的司法实践中主要存在以下八大疑难问题：

1、对严重拖欠工程款的背景下，作为最底层的农民工工资如何保护；

2、一个项目先后签订几份合同即黑白合同，应以什么作为计价依据；

3、拖欠工程款应计取利息，利息应如何计取；

4、拖欠工程款可以顺延工期，凭什么可顺延，顺延应具备什么条件；

5、垫资是否违法，如何准确认定，应如何处理；

6、发包人迟迟不确认工程结算应以什么作为处理依据；

7、造价鉴定应如何把握，鉴定结论是否自然可作为判决依据；

8、审计报告和结算协议发生矛盾，应以何为准。

上述问题之所以成为疑难法律问题，是因为司法实践中的复杂情况为当初立法时所不能预料，立法本身没有对这些问题作出明确规定，现有法律法规难以找到解决问题的明确的、直接的法条依据。面对这样的实际情况，最高院的司法解释不失为目前阶段立法难以一下子完善前提下最有实效的应对措施。

应对措施一：用连带责任制度对农民工工资给予特殊保护

拖欠农民工工资是拖欠工程款派生的直接影响社会稳定的大问题，而且农民工工资问题还往往因为工程转包或不规范分包使问题更加复杂。在立法层面，农民工工资问题的合同载体劳务合同，甚至在目前建设工程法律框架中没有任何法律、法规有所涉及。对于农民工的拖欠工资问题，司法解释第29条对农民工工资问题作出特别的保护性规定：“违法分包合同和转包合同被确认无效，实际施工人与发包人已全面实际履行合同并形成事实上的权利义务关系，实际施工人向发包人主张权利的，人民法院应当支持。实际施工人以分包人、转包人和发包人为共同被告起诉的，请求承担连带责任的，应予支持。”司法解释作出这样的规定，可以从我国《民事诉讼法》第97条寻找到依据。该法条规定：“人民法院对下列案件，根据当事人的申请，可以裁定先予执行：（一）追索赡养费、抚养费、抚育费、抚恤金、医疗费用的；（二）追索劳动报酬的；（三）因情况紧急需要先予执行的。”本人认为司法解释对解决农民工工资作这样的规定有法律依据。

此外，针对实践中与农民工工资直接相关的劳务合同，司法解释第7条还规定：“当事人主张总承包人、分包人与具有劳务作业法定资质的劳务作业承包人签订的劳务作业分包合同性质为转包合同；请求确认无效的，不予支持。”这一条司法解释的相应规定，事实上确认了劳务合同的合法性。至于劳务合同与转包合同的区别，主要视这两种合同指向的标的。劳务合同仅涉及人工费，不涉及分包工程；转包合同不仅涉及劳务，更主要的是合同指向的标的是分包的工程。从技术层面分析，劳务合同只计算人工报酬，一概只包人工；而转包合同计算的是分包工程的价款，是包工又包料的承包形式。

《最高人民法院关于人民调解协议司法确认程序的若干规定》第四条