建设工程施工合同有失公正，合同双方权利、义务不对等。

从目前实施的建设工程施工合同文本看，施工合同中绝大多数条款是对发包方制定的，其中大多强调了承包方的义务，对发包方的制约条款偏少，特别是对发包方违约、赔偿等方面的约定不具体，也缺少行之有效的处罚方法。同时，由于目前建筑市场的激烈竞争和不规范管理，大量的施工队伍与较小的工程量严重失衡，致使发包方在建设工程承发包中占据主导地位，提出一些苛刻和不平等的条件，将自身的风险转移到承包商身上。承包商为了获得工程也只好接受。只能在实施这样的合同时，采取偷工减料或非法分包甚至违法转包，以便维护自己利益，由此给建设工程埋下隐患，同时，不可避免地导致了纠纷的发生。

合同文本不规范。

国家工商总局和建设部为规范建筑市场的合同文本制定了《建设工程施工合同示范文本》，以全面体现承发包双方的责任、权利和风险。但有些发包人为了回避自己的风险在签订合同时，不采用标准的合同文本，而是采用一些自制的、不规范的文本进行签约。通过自制的、笼统的、含糊的文本条件，避重就轻，转嫁工程风险。有的甚至采用口头委托和政府命令的方式下达任务，待工程完工后，再补签合同，这样的合同根本起不到任何约束作用。

“阴阳合同”充斥市场，严重扰乱了建筑市场秩序。

有些业主以种种理由和借口，和承包商按照招标文件签订“阳合同”，供建设行政主管部门审查备案之外，私下再与承包商签订一份在施工活动中实际履行的“阴合同”，其内容与原合同相违背，形成了一份违法合同。这种工程承发包双方责任、利益不对等的“阴阳合同”，违反了国家有关法律法规，严重损害了承包商利益，为履行合同埋下了隐患，并将直接影响工程建设目标的实现，进而给承发包双方都带来不可避免的损失。

建设工程施工合同履约程度低，违约现象严重。

有些工程施工合同的签约双方都不认真履行合同，违约现象时有发生，特别是发包方。如：业主暗中以垫资为条件，违法发包;在施工过程中业主不按照合同约定支付工程款;建设工程竣工验收合格后，发包人不及时办理竣工结算，甚至部分业主已使用工程多年，仍以种种理由拒付工程款，形成建设市场严重拖欠工程款的顽症。承包商不按约定组织施工，致使工程延期、质量低劣，也是违约行为的主要表现。

合同索赔工作难以实现。

索赔是合同和法律赋予受损失者的权利，对于承包商来讲是一种保护自己、维护正当权益、避免损失、增加利润的手段。而建筑市场的过度竞争，不平等合同条件等问题，给索赔工作制造了许多干扰因素，再加上承包商自我保护意识淡薄，导致合同索赔难以进行。

租借他人资质或承包与自身资质不相适应的建设工程的现象普遍存在。有些不法承包商在自己不具有或不具备相应建设项目施工资质的情况下，为了达到承包工程的目的，非法借用他人资质参加工程投标，并以不法手段获得承包资格，签订无效合同。同时，一些不法建筑企业利用不法手段获得承包资质，专门从事资质证件租赁业务，非法谋取私利。这些行为，不仅严重破坏了建筑市场的秩序，同时也增加了施工合同纠纷的产生机会。

签订转包和违法分包合同的情况屡禁不止。

一些承包商为了获得建设项目承包资格，不惜以低价中标，在中标之后又将工程肢解后以更低价格非法转包给一些没有资质的小的施工队伍，这些承包商缺乏对承包工程的基本控制步骤和监督手段，进而对工程进度、质量造成严重影响，最终形成与业主及转包者的矛盾和纠纷。