不同机关的书记员，作用不同。

法院规定的是法庭审判阶段的书记员，当然由法院院长决定，

检察院规定的是审查起诉等阶段的书记员，当然由检察长决定。

刑诉解释：

第三十条当事人及其法定代理人对出庭的检察人员、书记员提出回避申请的，人民法院应当通知指派该检察人员出庭的人民检察院，由该院检察长或者检察委员会决定。

书记员的回避由检察长决定

第三十二条上述有关回避的规定，适用于法庭书记员、翻译人员和鉴定人。其回避问题由人民法院院长决正。

书记员的回避由院长决定

相关知识：

回避的人员范围：审判人员，检察人员，侦查人员，书记员，翻译人员，鉴定人员。

回避的理由：第二十八条审判人员、检察人员、侦查人员有下列情形之一的，应当自行回避，当事人及其法定代理人也有权要求他们回避：

(一)是本案的当事人或者是当事人的近亲属的；

(二)本人或者他的近亲属和本案有利害关系的；

(三)担任过本案的证人、鉴定人、辩护人、诉讼代理人的；

(四)与本案当事人有其他关系，可能影响公正处理案件的。

回避的申请：属于回避人员范围内的人员自行回避的，可以口头或者书面提出，并说明理由。口头提出申请的，当记录在案。当事人及其法定代理人的回避要求，应当书面或者口头提出，并说明理由，应当提供有关证明材料。

回避的决定：

(1)审判人员的回避，由本法院的院长决定；

(2)检察人员的回避，由本检察院的检察长决定；

(3)侦查人员的回避，由本公安机关的负责人决定；

(4)法院院长的回避，由本院审判委员会讨论决定。判委员会讨论院长回避问题时，由副院长主持，院长不得参加。

(5)检察长的回避，由本院检察委员会讨论决定。检察委员会讨论检察长回避问题时，由副检察长主持，检察长不得参加。

(6)公安机关负责人的回避，由同级检察机关的检察委员会讨论决定。

(7)书记员的回避，其所属的机关不同，由本机关的负责人决定。

(8)鉴定人、翻译人员的回避，根据其所处的不同诉讼阶段，分别由该阶段主持进行诉讼活动的机关负责人决定回避的效力：回避决定一经作出，即发生法律效力，应当回避的人员须立即退出诉讼活动。法定的个人或组织不准许回避的，自行请求回避或被当事人中请回避的人员进行的诉讼行为仍然有效。在复议期间，诉讼行为的重新开始和继续进行一般不受影响。回避人员范围内的人员有法定回避情形之一却没有回避的，构成程序违法。特殊情况：鉴于刑事侦查工作的紧迫性和特殊性，为防止延误侦查，规定对侦查人员的回避作出决定前，侦查人员不能停止对案件的侦查。