不会留案底。依照相关法律规定，派出所已经立案的仍然会将案件移送检察院审查起诉，然后检察院向法院提起公诉，检察院认为情节轻微的，也可以不起诉。当事人之间达成调解协议或者和解协议，属于从轻处罚情节。对于检察院不起诉的，因是无罪处罚，不会留案底。如果派出所未刑事案件立案，而立的是治安案件，派出所调解后就有可能不移送起诉了，就不会案底，但这是违背法律规定的。双方当事人和解的，公安机关、人民检察院、人民法院应当听取当事人和其他有关人员的意见，对和解的自愿性、合法性进行审查，并主持制作和解协议书。

一、刑事案件和解制度是什么

与调解由人民法院主导不同，和解由双方自愿组织。

和解适用范围：

1、所有的自诉案件；

2、《刑诉法》第二百七十七条

下列公诉案件，犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，被害人自愿和解的，双方当事人可以和解：

（一）

因民间纠纷引起，涉嫌刑法分则第四章、第五章规定的犯罪案件，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的；

（二）

除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下刑罚的过失犯罪案件。

犯罪嫌疑人、被告人在五年以内曾经故意犯罪的，不适用本章规定的程序。

和解的后果：

1、自诉案件，自诉人在人民法院判决前同被告人和解，向人民法院提起撤诉，以撤诉形式结案。

2、符合和解条件的公诉案件：

《刑诉法》第278条：双方当事人和解的，公安机关、人民检察院、人民法院应当听取当事人和其他有关人员的意见，对和解的自愿性、合法性进行审查，并主持制作和解协议书。、第279条：对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。

2017年最高人民法院最新修订的《关于常见犯罪量刑指导意见》第三部分第10条规定：对于当事人根据刑事诉讼法第二百七十七条达成刑事和解协议的，综合考虑犯罪性质、赔偿数额、赔礼道歉以及真诚悔罪等情况，可以减少基准刑50％以下；犯罪较轻的，可以减少基准刑的50％以上或者依法免除处罚。

二、刑事案件能撤案和解吗

依据我国《刑事诉讼法》的规定，一些特定的刑事案件是可以进行和解的，和解是指案件的犯罪嫌疑人对被害人进行赔偿、赔礼道歉后，取得被害人的谅解，争取宽大处理的情形。

刑事案件取得对方谅解后，能不能撤销案件，要依据具体的案情而定：

1、刑事案件进行和解的，双方签订和解协议书的，如果犯罪情节比较轻微的，检察机关可以作出不起诉的决定。

2、刑事案件和解后，双方签订和解协议书，但犯罪情节比较重的，需要追究刑事责任的，案件是不能撤销的，但可以对犯罪分子减轻、从轻处罚。

3、如果是自诉案件的，双方经法院解调达成和解协议后，自诉人是可以撤销起诉的。

【法律依据】《刑事诉讼法》第二百九十条，对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。

人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。