1、处理阴阳合同的方法是：法院原则上只处理民事法律关系，即确定阴阳合同是否有效，双方真实意思表示的交易内容如果没有违法情况通常是有效的。阴阳合同涉及的税务问题则是由税务机关来负责处理。

2、法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

一、签订阴阳合同的四大危险是什么

1、无法取得高额贷款的风险。由于政府备案的价格较低，买家在申请银行按揭贷款时，银行将根据备案价格和评估价格来综合评定发放贷款，而银行发放贷款将以低于实际价格的标准发放贷款。银行对二手房贷款政策收紧的情况下，银行将极有可能按照备案价格或评估价格中的低者发放贷款，这将造成买家实际贷款总数的降低，也无疑增加了买家支付首期款的总额。

2、贷款合同被银行解除的风险。借款合同中通常有这样的内容，在抵押物价值减少时抵押权人即银行有权要求借款人提供新的担保，这也是为了保障银行的优先受偿权。比如，房产价值为200万元，而银行贷了250万元，银行仅就200万元有优先受偿权，对超出的50万元没有优先受偿权，这就对银行很不利，所以银行要在合同中约定抵押物价值减少时借款人要提供新的担保。

3、税收过高的风险。一些自住买家在买房的时候可能不会考虑到将来再次转手的问题，但计划赶不上变化，如果这些自住客因为某些原因而出售住房，这时候就会面临高税费的问题。由于政府备案的价格低于实际成交的价格，将来买家如再出售该房屋时，买家可能就要面临承担高额个人所得税等税费的风险。

4、付款纠纷的风险。做高和做低房价都会产生两个不同的价格，在房管局签订的虽然价格不符合实际，但该合同具有法律效力，如果届时买家要求按照这一价格进行交易的话，卖家将非常麻烦，要么可能收不齐全款，要么就要面临诉讼且未必能胜诉。因为如果做低房价还可以另行订立一份补充协议将差额部分以“补偿款”的名义补足，可是如果是做高房价通则不会以补充协议的方式另行约定差额。