上级行政机关对下级行政机关实施行政许可的监督检查，主要是指对其实施行政许可行为合法性的监督检查，以保证下级行政机关依法许可、依法行政。对下级行政机关实施行政许可的合法性进行监督检查，主要包括以下两个方面的内容：

一方面，要监督检查实施行政许可的行政主体和权限是否合法。行政许可只能由具有行政许可权的行政机关在法定的范围内实施，法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织，在法定的权限范围内可以以自己的名义实施行政许可，行政机关在其法定职权范围内，依照法律、法规、规章的规定，可以委托其他行政机关实施行政许可。上级行政机关在监督检查下级行政机关实施行政许可行为时，一旦发现行政许可实施的主体和权限不合法，时予以纠正。比如，根据公民出入境管理法的规定，中国公民因私出境，只能由其户口所在地的公安机关实施行政许可;中国公民因公务出境，只能由外交部或者外交部授权的地方外事部门实施行政许可;海员因执行任务出境，只能由港务监督局或者由港务监督局授权的港务监督实施行政许可。对于因不同事由出境的公民依法实施行政许可的行政机关也不同，如果由公安部门实施中国公民因公务出境的行政许可，或者由外交部门实施海员执行任务出境的行政许可，都属于实施行政许可的主体和权限违法，上级行政机关在监督检查时应当予以纠正。

第二个重要内容是，要监督检查实施行政许可的程序是否合法。没有程序的正义就没有实体的正义。依照法定的程序实施行政许可，是保证行政许可公平、公正，保证申请人合法权益以及保证行政机关依法行政的重要条件。本法第四章根据不同情况，对行政许可实施的一般程序作出了详细规定，其他有关的法律、法规、规章对一些特定行政许可的程序作出了专门规定，这些规定都是行政机关实施行政许可的依据。上级行政机关对下级行政机关实施行政许可的监督检查，一个很重要的内容，就是监督检查下级行政机关在实施行政许可时，是否严格以本法律以及其他有关的法律、法规、规章为依据，特别是要监督检查下级行政机关在实施行政许可过程中，是否认真落实了那些法定的具有关键意义的程序。比如，要根据本法第四章的规定，监督检查下级行政机关是否将有关行政许可的事项、依据、条件、数量、程序、期限以及需要提交的全部材料的目录等在办公场所公示;要监督检查下级行政机关在实施自然资源的开发利用和公共资源的配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等事项的行政许可时，是否依法通过招标、拍卖等公平竞争的方式作出决定;要监督检查下级行政机关在实施直接关系申请人和利害关系人之间重大利益的行政许可时，是否严格依法告知了有关当事人具有申请听证的权利，并依照法定程序进行了听证;要监督检查下级行政机关是否在法定的期限内实施了行政许可;要监督检查下级行政机关在作出行政许可决定后，是否将行政许可决定和申请人的有关资料予以公开，允许公众查阅;等。如果发现下级行政机关在实施行政许可的程序中有违法行为，上级行政机关应当及时采取措施予以纠正。

当前，行政机关在实施行政许可的具体程序中，有两个问题比较严重，一是与被许可人私下接触，甚至向被许可人吃、拿、卡、要，通过行政许可实行权力寻租;二是在实施行政许可时乱收费、高收费，甚至没有收费就疏于许可、疏于管理。这两种现象大量滋生了腐败现象，损害人民群众的利益，损害了行政机关的形象。为此，本法第二十七条专门规定：行政机关实施行政许可，不得向申请人提出购买指定商品、接受有偿服务等不正当要求。第五章专门规定，行政机关实施行政许可和对行政许可事项进行监督检查，不收取任何费用;行政机关提供行政许可申请书格式文本，不收取费用;行政机关实施行政许可，应当依照法定的项目和标准收费，所收取的费用必须全部上缴国库，任何机关或者个人不得以任何形式截留、挪用、私分或者变相私分。因此，上级行政机关在监督检查下级行政机关实施行政许可时，应当将这两个问题作为十分重要的内容予以监督检查，一旦发现有关行政机关及其工作人员的违法现象，要坚决及时地纠正，对行政许可实施中的犯罪行为，要依法移交司法机关追究其刑事责任。