商标注册网上申请应当按以下流程办理：

1、申请“商标数字证书”；仅商标代理组织需要进行本步骤的操作。

2、下载并安装数字证书驱动程序和安全应用控件；仅商标代理组织需要进行本步骤的操作。

3、登录网上申请系统，选择书式，提交商标网上申请；

4、缴纳商标规费；商标代理组织应当在提交申请前向商标局足额预付商标规费。

5、确认网上申请是否提交成功。成功提交商标网上申请后，商标局要求递交相关纸质申请材料的，应当按规定办理。

一、网上申请成功后怎样注册

成功提交商标注册网上申请后，按下列规定办理：

1、目前的过渡期内，成功提交商标注册网上申请后，需要按下文的要求提交纸质申请书。过渡期结束后，不再需要提交纸质申请书。过渡期的结束日期及过渡期结束后的有关规定，商标局将另行公告。

2、目前的过渡期内，递交纸质申请书，具体操作方法如下：

（1）下载电子申请书：网上申请的下一个工作日，登录本系统，通过“申请查询”功能，下载前一个工作日提交的商标注册网上申请的电子申请书（ＰＤＦ格式）。该电子申请书与前一个工作日提交的网上申请信息一致，申请人或受其委托的商标代理组织不能作任何修改。

（2）备齐相关纸质申请材料：打印步骤一下载的ＰＤＦ格式的电子申请书（应正反面打印；彩色图样的，应彩色打印），再加盖公章。制备商标注册网上申请清单。

（3）递交商标局：于且必须于自提交网上申请之日（不含）起的15个工作日内，将步骤二备齐的纸质申请材料和清单递交商标局收文部门。前述期限按《商标法实施条例》第十条的规定计算。

由于网上申请和非网上申请在商标局内部的处理流程不同，因此，要求商标代理组织或申请人应当将上述网上申请的“纸质申请材料”与不是采用网上申请的“商标申请书及其相关申请材料”分别提交到商标局收文部门。

3、提交的纸质申请书与商标局收到的电子申请书不一致的，以商标局收到的电子申请书为准。

需要注意的是，商标网上申请适应了网络时代的发展需求，但是毕竟技术条件有效，有些商标网上申请不予受理，有些商标网上申请可能导致产生不利于申请人的结果。