分公司的合同专用章有效，合同专用章只是履行公章的部分职能，只能在与客户签合同时有效。公章代替合同章使用没问题。分公司没有合同专用章，如果分公司是子公司形式，完全可以用公章签合同，否则就不行了。

企业在对外往来业务合同中使用分公司印章，分公司虽然没有独立法人地位，但分公司已领取营业执照，能够成为民事诉讼的被告，因此在合同上加盖分公司印章一般认定为合同有效。根据《公司法》第14条第1款规定：公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。

一、对于分公司印章的管理

企业为了业务发展需要，会在不同的区域设立分公司。虽然分公司办理营业执照，但却不具有独立法人资格，不能独立承担民事责任，所以分公司加盖印章所产生的法律责任是由设立分公司的总公司负责。为了防范风险，应当加强对分公司印章的管理。

1.制定分公司印章管理的规章制度。必要时，可以由分公司的负责人对加盖分公司印章产生的法律后果承担担保责任。

2.设立分公司印章使用的分级审批制度。对于日常的文件、合同应当由负责人审批使用，对于涉及重大的合同，应当由分公司报经总公司审批，方可给予使用，总公司应当对报批的重大合同文件进行存档备案。

3.总公司应当对于各分公司的印章实行专人监管，定期监督、检查各分公司使用分公司印章的情况，如发现有存在损害总公司利益的行为发生，应当及时制止，情节严重的，可以强制收回印章。

4.分公司暂时歇业、停业的，可以要求分公司将印章封存在总公司，待分公司重新启动时再启用。

5.对于分公司注销的，应当及时收回分公司的印章，将废止的印章及时销毁。

6.对分公司相关人员涉嫌私刻分公司印章的，应当依法追究相关责任人员的法律责任，构成犯罪的，应依法追究其刑事责任。

分公司是否由其专用的合同章需要根据分公司的具体情况来进行相关的判断。如果总公司有授权那么分公司是有其专用的合同章，但是一般如果分公司需要自行签署相关合同的话都会有其专用的合同章来与其他公司进行签署相关合约。