对于检察机关退回两次的案件，公安机关应该根据该补侦期间获得新的犯罪事实，来对犯罪嫌疑人重新计算其羁押的时间。并且对于检察机关退回两次的案件，那么公安机关所需要承担的责任是很大的，并且该犯罪嫌疑人的犯罪事实一般较多。

《公安机关办理刑事案件程序规定》

第一百四十七条在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，应当自发现之日起五日以内报县级以上公安机关负责人批准后，重新计算侦查羁押期限，制作重新计算侦查羁押期限通知书，送达看守所，并报批准逮捕的人民检察院备案。

前款规定的“另有重要罪行”，是指与逮捕时的罪行不同种的重大犯罪以及同种犯罪并将影响罪名认定、量刑档次的重大犯罪。

第二百八十四条侦查终结，移送人民检察院审查起诉的案件，人民检察院退回公安机关补充侦查的，公安机关接到人民检察院退回补充侦查的法律文书后，应当按照补充侦查提纲在一个月以内补充侦查完毕。

第二百八十五条对人民检察院退回补充侦查的案件，根据不同情况，报县级以上公安机关负责人批准，分别作如下处理：

(一)原认定犯罪事实清楚，证据不够充分的，应当在补充证据后，制作补充侦查报告书，移送人民检察院审查;对无法补充的证据，应当作出说明;

(二)在补充侦查过程中，发现新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事责任的，应当重新制作起诉意见书，移送人民检察院审查;

(三)发现原认定的犯罪事实有重大变化，不应当追究刑事责任的，应当重新提出处理意见，并将处理结果通知退查的人民检察院;

(四)原认定犯罪事实清楚，证据确实、充分，人民检察院退回补充侦查不当的，应当说明理由，移送人民检察院审查。

第二百八十六条对于人民检察院在审查起诉过程中以及在人民法院作出生效判决前，要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料的，应当及时收集和提供。

检察院对于退回侦查的案件，一般只能有两次，那么公安机关在进行补充侦查的时候，肯定是需要结合自身的情况，对该案件的有关犯罪事实证据收集趋于完整，特别是在第二次的时候，如果在当前情况下不能补充完整，那么该犯罪嫌疑人的罪行就不能被判处完整。