民营企业自主创新的问题与难点：创新是一个社会经济过程，不仅受技术因素的制约，而且受制度环境的制约。在创新过程中，无论是创新资源的获取、整合和创新动力的提供，还是创新机制的运行和创新功能的发挥，都离不开制度环境系统的支撑。影响民营企业自主创新行为的主要因素包括创新动力、创新风险、创新能力和创新融资四个方面。这些因素影响着民营企业的自主创新意愿，决定着民营企业的自主创新行为。制度设计能否激发民营企业的创新欲望是民营企业自主创新行动的决定性因素之一

目前，我国推进民营企业自主创新的制度设计还存在一些缺陷和问题，主要表现在以下四个方面：（1）动力机制不完善，企业不愿创新，99%的企业没有申请专利，60%的企业没有自己的商标。创新力不足的原因是多方面的。首先，创新的投入产出模式导致创新动力不足。由于创新需要大量的投资，而投资又不能很快得到相应的回报，创新必然会影响企业的直接利润。在运营模式上，很多民营企业选择多元化战略，更愿意投资回报率高、回收周期短的行业。此外，企业既定生存发展模式的选择也制约了创新的内在动力，如基于柔性经营机制的小企业和基于低成本、规模经济的大中型企业。大多数民营企业的优势仍然在于劳动力成本和资源使用成本低。资本实力强、技术实力强、创新能力强的民营企业屈指可数。创新存在着规模、技术和资金管理的制约。较高的自主创新机会成本削弱了自主创新的内在动力。自主创新动力不足的另一个原因是，企业可以依靠机会、公关和使用低成本劳动力获得更高的利润。因此，企业投机心理强烈，缺乏自主创新的必要性意识（2）风险分担机制不健全，知识产权保护不力，企业不敢创新高新技术产业的发展面临着巨大的技术风险、市场风险和技术损失风险。民营企业缺乏创新管理的基本经验，无法应对巨大的创新风险，普遍存在“创新恐惧症”。而且，民营企业的平均寿命不长，也导致了创新动力薄弱。此外，民营企业产权结构过于集中，不利于创新风险的分散。一旦创新失败，民营企业的发展就会受到影响，有时甚至会失去自己的财产。此外，我国支持创新的相关政策和制度还不完善。风险投资业发展缓慢。一个拥有创业人才的高素质风险投资阶层还远未形成。民间资本和民间主体参与风险投资较少。民营企业很难通过风险投资渠道获得创新融资。民营企业不敢创新的另一个原因是知识产权保护环境不好。与自主创新相比，模仿成本低，效益好。由于创新的高风险，民营企业不敢开发新技术。有人甚至认为“不创新，死得慢，但创新，死得快。”（3）创新人才缺乏，研发能力有限，企业不会创新，民营企业的自主创新，依靠自身实力太弱，而企业与产学研的定期合作机制尚未建立和完善，因此民营企业的创新能力无法通过“边干边学”的学习机制和产学研合作机制来提高。产品升级慢，更新周期长。一方面，民营企业缺乏创新人才，自身创新能力不高。民营企业缺乏创新人才的一个重要原因是，我国民营企业90%以上是家族企业，公司治理结构是外来人才独占的，影响了外部人力资本的充分发挥，导致缺乏吸引创新人才的平台。此外，民营企业创新人才流失问题十分突出。社会对私营企业仍有偏见。民营企业规模小、工作环境差、教育培训项目少，导致研发队伍不稳定，严重影响企业创新的持续性。缺乏创新者的直接后果是民营企业自主创新“无力”，技术研发能力差，技术成果产业化薄弱。因此，人才是制约企业自主创新的首要因素

民营企业创新最重要的两个环节是技术研发和科研成果产业化。这两个环节需要高资本投入，多数民营企业在创新中遇到融资瓶颈。民营企业研发经费短缺，很少得到政府部门的研发支持。目前，政府的科技投入体系也倾向于将大部分资金投入高校和政府所属科研机构，其中企业投入较少，民营企业投入较少。我国民营高新技术企业也很难通过外部融资渠道获得融资。民营企业由于资信差、保险难、抵押难，很难从银行获得贷款。银行对贷款风险的规避，使得银行基本上以大中型企业为重点服务对象，未能建立起适应民营中小企业需求的灵活融资机制。同时，民营企业与银行在创新融资中存在信息不对称。一方面，融资交易前存在信息不对称，另一方面，投资过程中存在信息不对称。创新融资市场存在逆向选择和道德风险。因此，民营企业的创新只能严重依赖内部融资。另外，我国高新技术企业从资本市场直接融资的机会很小，通过资本市场直接融资的比例很低，2004年仅为3%，2005年不足500亿元，仅占融资总额的1.5%左右，而发达国家直接融资的比例通常在60%左右。一大批国内优质企业纷纷奔赴海外上市