检察院办案刑事申诉案件有以下的流程：

(一)人民检察院复查刑事申诉案件，应当由两名以上检察人员进行，原承办人员不得参与。复查案件时，应听取申诉人的申诉理由，与原办案人进行座谈，必要时对有关证据进行补充调查。

(二)刑事申诉案件公开审查程序

1、控告申诉检察部门对本部门管辖的刑事申诉案件，立案复查后，均可进行公开审查，其中主要的形式是举行听证会，公开听证。但涉及国家秘密或个人隐私、申诉人不愿举行听证会以及有其他原因不适合举行听证会的案件除外。

(三)人民检察院作出复查决定后，应制作《刑事申诉复查通知书》或《刑事申诉复查决定书》，并在十日内送达申诉人、原案被处理人和有关部门。《刑事申诉复查决定书》应公开宣布，并制作宣布笔录。

(四)人民检察院立案复查的刑事申诉案件，应在立案后三个月内办结。案情复杂的，最长不得超过六个月。

相关法律知识

《人民检察院复查刑事申诉案件规定》

第三条人民检察院复查刑事申诉案件，应当遵循下列原则：

(一)原案办理权与申诉复查权相分离；

(二)依照法定程序复查；

(三)全案复查，公开公正；

(四)实事求是，依法纠错。

第四条人民检察院复查刑事申诉案件，根据办案工作需要，可以采取公开听证、公开示证、公开论证和公开答复等形式，进行公开审查。

一、免于起诉会不会留下案底

一般所称的“案底”仅仅指犯罪行为人承担刑事责任后，相关部门将其定罪的情况记录档案的行为。事实不清政局不足应当为酌定不起诉，根据《刑事诉讼法》第142条第2款规定：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。由此不难看出酌定不诉后，没有判处刑罚也就不应该有案底一说，酌定不诉也应该告知承办案件的公安机关记录在案。

如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十五条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。而事实不清证据不足属于没有违法事实而决定不起诉，所以不会留有案底。免予起诉的决定应当公开宣布，并将免予起诉决定书交给被告人及其所在单位，以及被害人、移送起诉的公安机关。被告人如果在押，应当立即释放。被害人或被告人如果不服，可在收到免予起诉决定书后

7日内向人民检察院申诉，人民检察院应将复查结果告知被害人或被告人。