处理土地使用权转让纠纷的方式有：

1、已经办理土地使用权变更登记手续的受让方，请求转让方履行交付土地等合同义务的，应予支持；

2、合同均未履行，依法成立在先的合同受让方请求履行合同的，应予支持；等等。

一、在建工程转让的程序

通过资产转让方式转让在建工程，应履行以下程序：

1、对双方已确定的各项转让内容进行逐一清点、核查，或由专业评估机构对目标资产进行评估后确定转让价格，并在此基础上签订书面转让合同；

2、在相应行政机关办理相关过户登记。因项目公司主要资产转让减少注册资本的，还须通知债权人并在报纸上公告，项目公司在履行完毕相应债权债务关系后办理相应的注销手续；

3、转受让双方应当自土地使用权变更登记手续办理完毕之日起30日内，持房地产开发项目转让合同到房地产开发主管部门备案手续；

4、在建工程相关建设用地规划许可证、建设工程施工许可证等部分或全部建设手续的更名审批程序；

5、已签订的设计、施工、监理、银行抵押贷款、商品房预售等在建工程相关合同、协议的权利义务移转程序等。

通过股权转让方式转让在建工程的，只需签订股权转让协议并按规定办理股权转让的工商变更登记手续(外商投资企业还应办理相应股权变更审批手续)即可完成转让。由于对外的土地使用权主体和项目主体并未发生改变，因此无需进行土地使用权或资产转让所必须的相关权属变更登记程序。

综上，通过资产转让方式转让在建工程，涉及的内容相对更多、程序更为复杂，且政府主管部门审批等不可控的因素更大；相比之下，股权转让程序更为简易、快速。

二、如何认定股权转让协议的效力

股权转让协议是以股权转让为内容的合同，股权转让是合同项下债的履行。股权转让协议生效与股权转让生效时间是不一致的，股权转让生效是在协议生效之后。股权转让合同不属于应当办理批准、登记手续才生效的合同，因此股权转让合同自成立时生效。股权转让协议一般应包括下列内容：(1)当事人双方基本情况，包括转让方与受让方的名称、住所、法定代表人的姓名、职务、国籍等。(2)公司简况及股权结构。(3)转让方的告知义务。(4)股权转让的份额，股权转让价款及支付方式。(5)股权转让的交割期限及方式。(6)股东身份的取得时间约定。(7)股权转让变更登记约定，实际交接手续约定。(8)股权转让前后公司债权债务约定。(9)股权转让的权利义务约定。(10)违约责任。(11)适用法律争议解决方式。(12)通知义务、联系方式约定。(13)协议的变更、解除约定。(14)协议的签署地点、时间和生效时间。

三、公司股权转让的风险与防范

有限公司的股东向股东以外的人转让其出资时，必须经全体股东过半数同意;不同意转让的股东应当购买该转让的出资，如果不购买该转让的出资，视为同意转让,经股东同意转让的出资，在同等条件下，其他股东对该出资有优先购买权。未经上述程序而签订的股权转让合同会因程序的瑕疵被认定为无效或撤销。股权转让合同的履行，转让方的主要义务是向受让方移交股权，具体体现为将股权转让的事实及请求公司办理变更登记手续的意思正式以书面方式通知公司的行为。