用人单位为履行保密协议的员工支付经济补偿的，经济补偿款需要扣税，按个人所得税进行扣除。居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。

一、保密协议的违约金的标准是多少？

对于违约金的标准，《民法典》就规定用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。

对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

二、企业和员工如何签订保密协议？

在劳动合同中订立保密条款主要内容

（一）职工在受聘期间，不能向外泄露技术秘密，不能允许第三方使用技术秘密。

（二）职工在受聘期间，不得携带技术秘密跳槽到另一企业。

（三）合同期满的仍应承担保密义务并保证在一定期限内（一般三年）不使用该技术秘密。

（四）明确违约责任。

签订专门的协议书

企业可以直接与接触技术秘密的职工签订专门的《保守技术秘密协议书》。协议书中应明确指出员工所掌握的是哪些技术秘密，保密的内容应具体明确；要符合法律构成技术秘密要件，缺少任何一个要件，均不构成技术秘密；如将本行业的公职技术作为技术秘密的范围，或者将没有任何商业价值的技术作为技术秘密的范围，即使签订了即是秘密保密协议，也不受法律的保护。

要求员工保守企业技术秘密是企业的权利，员工保守企业技术秘密是义务。反之，支付员工技术秘密保密费是企业的义务，而要求企业支付技术秘密保密费也是员工的权利。在实践中，有些企业的保密费是通过职工的工资、津贴、奖金来体现，这需要明确的约定，否则保密协议都可能是不合法的。

在签订《保守技术秘密协议书》要注意以下事项：

1、双方当事人的主体资格合法。

2、协议书的内容不得违反国家法律、法规、规章。

3、甲、乙双方地位要平等，以自愿为原则，双方表达意思真实，权利和义务对等。

4、主要条款内容清楚。

5、明确违约责任。