工资超过5000扣税的计算，超过部分适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；扣税可以通过扣缴义务人申报，也可以根据综合所得的年度自行申报。

一、工资超过5000扣税怎么算

工资超过5000扣税的计算：工资超过五千的部分适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率进行扣税。

应纳税所得额=工资收入金额－各项社会保险费－起征点（5000元）。应纳税额=应纳税所得额x税率-速算扣除数。

《个人所得税法》第三条，个人所得税的税率：综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。

二、扣税的申报有哪些

扣税申报的方式有：

1.通过扣缴义务人申报。这种指的是向单位申报个人信息，每个月税务机关会把专项附加扣除相关信息全量推送至单位，单位可以从代扣缴软件获取员工已经报送的专项附加扣除信息，并从中计算出员工应预扣预缴的税款，再向税务机关办理全员全额纳税申报。

2.综合所得年度自行申报。每个月单位发放工资时正常扣税，然后由纳税人自己在第二年去税务机关办理汇算清缴，并将有关信息提供给税务机关，让税务部门其办理退税。

《中华人民共和国个人所得税法》第十一条，居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款。

三、发工资扣税是怎么扣税的

发工资扣税方法为由企业进行核算，并在发放给职工前进行代扣代缴，然后统一到当地地税局申报缴纳。工资扣税等于全月应纳税所得额*税率-速算扣除数全月应纳税所得额。

《个人所得税法》第六条，应纳税所得额的计算：非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。

《中华人民共和国个人所得税法》（2018修正）：　第十一条　居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。\n居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。\n非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。