环境行政复议的程序可分为申请、受理、审理、决定四个步骤。

(一)、环境行政复议的申请

1、申请期限

我国环境法律规定的复议申请期限为15日，从相对人接到行政行为通知书之日起算。而《行政复议法》第9条第1款规定：“公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起60日内提起行政复议申请;但是法律规定的申请期限超过60日的除外。”根据这款规定以及新法优于旧法的法律冲突的适用规则，环境行政复议的一般期限应为60日，如果今后环境法律规定申请复议的期限超过60日的，则从其规定。另外，因不可抗力或者其他正当理由耽误法定申请期限的，申请期限自障碍消除之日起继续计算。

2、申请方式

申请人申请行政复议，可以书面申请，也可以口头申请。口头申请的，行政复议机关应当当场记录申请人的基本情况、行政复议请求、申请环境行政复议的主要事实、理由和时间。

(二)、环境行政复议的受理

环境行政复议机关收到行政复议申请后，应当在5日内进行审查，不符合复议法规定的复议申请，决定不予受理，并书面告知申请人;对符合复议法规定，应予受理但是不属于本机关受理的复议申请，应当告知申请人向有关行政复议机关提出。如果环境复议机关应该受理无正当理由不予受理的，上级行政机关应当责令其受理;必要时，上级行政机关也可以直接受理。

(三)、环境行政复议的审理

1、审理方式

环境行政复议一般实行书面审理，但复议机关认为必要时，可以采取其他方式审理，所谓“其他方式”，主要指复议机关通知申请人、被申请人双方到场，在公开听证、双方相互质证、辩论的基础上进行审理。

2、复议机关在审理前或审理中要处理的有关事项

主要包括：白受理行政复议申请之日起7日内向申请人发送行政复议申请书副本或者行政复议申请笔录复印件;决定是否停止具体行政行为的执行;决定是否同意申请人撤回复议申请。

3、审理依据

环境行政复议机关审理复议案件的依据，既包括程序法依据，又包括实体规范性文件依据。其中程序法依据主要是《行政复议法》，实体规范性文件依据主要包括：有关环境保护的法律、法规、规章以及上级行政机关依法制定和发布的具有普遍约束力的有关环境保护的决定和命令;复议机关审理民族自治地方的复议案件，以该民族自治地方的相关自治条例、单行条例为依据。

(四)、环境行政复议的决定

1、决定期限

行政复议机关应当自受理之日起60日内作出行政复议决定，但是法律规定的行政复议期限少于60日的除外，特殊情况下经复议机关的负责人批准，可以适当延长，但延长期限最多不超过30日。

2、决定种类

复议机关经过审理，根据不同情况分别适用以下种类的决定：

(1)维持决定。具体行政行为认定事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当的，决定维持。

(2)履行决定。被申请人不履行法定职责的，决定其在一定期限内履行。

(3)撤销、变更或者确认决定。具体行政行为有下列情形之一的，决定撤销、变更或者确认该具体行政行为违法;决定撤销或者确认该具体行政行为违法，可以责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为：

①主要事实不清，证据不足的;

②适用依据错误的;

③违反法定程序的;

④超越或者滥用职权的;

⑤具体行政行为明显不当的。

(4)赔偿决定。复议机关审理复议案件，在决定撤销、变更具体行政行为或者确认具体行政行为违法时，可应申请人请求或依法主动责令被申请人对申请人的合法权益造成的损害给予行政赔偿。

3、决定的效力

行政复议决定一经送达，即发生法律效力。

4、复议决定的执行

被申请人应当自觉履行行政复议决定，如果其不履行或者无正当理由拖延履行行政复议决定的，环境行政复议机关或者有关上级行政机关应当责令其限期履行。环境复议申请人逾期不起诉又不履行行政复议决定的，或者不履行最终裁决的复议决定的，可以由作出原具体行政行为的环境行政机关或复议机关依法强制执行或者申请人民法院强制执行。