新农合跨市住院报销流程如下：

1、带患者身份证、新农合医疗证等到参合地经办机构转诊备案手续；

2、携带患者身份证、新农合医疗证和转诊备案手续到转诊医院就医，办理新农合住院手续；

3、患者住院接受治疗；

4、出院后，凭患者本人身份证新农合医疗证、住院费用清单等等到参合地经办机构报销。

新农合全称新型农村合作医疗，是指农民自愿参加，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。国家建立和完善新型农村合作医疗制度，符合基本医疗保险药品目录的医疗费用，可以按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十四条

国家建立和完善新型农村合作医疗制度。

新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。

第二十八条

符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。

第二十九条

参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。

社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。

新农合的异地报销比例

新农合门诊报销比例

1、村卫生室、卫生所报销比例60％。

2、镇卫生院报销比例40％。

3、二级医院搏小比例30％。

4、三级医院报销比例20％。

5、镇级合作医疗门诊报销限额5000元／年。

新农合住院报销比例

1、新脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等辅助检查项目限额报销200元。

2、手术费起付线1000元内按照国家标准报销，超过1000元按照1000元报销。

3、60岁以上老年人住院治疗费及护理费每天可报销10元，限额200元。

4、各级医院报销比例为：镇卫生院报销60％，二级医院报销40％，三级医院报销30％。

新农合大病报销比例

1、门诊统筹乡、村补助比例分别提高到65％、75％。

2、一级医疗机构住院费用在400元以下者，不设起付线。

3、二级医疗机构补助比例提高到75％～80％。

4、三级医疗机构补助比例提高到55％～60％。

5、省三级医疗机构补助比例提高到55％。

6、儿童先心病等8种大病新农合补助病种定额的70％，肺癌等12种大病，新农合补助病种定额力争达到70％。