目前，虽然我国的改革取得了一定的成果，但改革形势并不令人乐观。在这场自然垄断产业改革中还存在很多重大的问题等待我们去解决：

第一、改革思维模式过于单一化。改革的方法是多种多样的，改革者应该结合社会具体情况对改革对象采取合适的改革措施以取得理想的改革效果。考察我国目前对传统的自然垄断产业改革所采取的措施，主要是分拆包括横向分拆、纵向分拆和纵横分拆。对电信、电力采取的是横纵双向分拆。这虽然从理论上讲可以造成竞争，但从改革后所形成的实际局面来看，这种分拆或者是稍微改变了不完全竞争市场的类型而已即将独占变为寡头竞争(将综合垄断改为专业垄断或者将全国垄断改为地域垄断)或者造成了行政性分割和集团分立使某些行业如航空航天工业的整体性受到破坏，改革并未取得应有的效果。造成这样局面的关键问题在于改革思维模式僵化。我国目前对自然垄断行业的改革所采取的方法主要是借鉴了在此之前的军工、有色金属等特殊行业的改革思路。客观地讲，目前我们进行改革的自然垄断行业与军工、有色金属等特殊行业还是存在很大的区别的。改革对象的差异决定了改革方法的不完全相同。所以我们并非一定采取分拆的方法对有关自然垄断行业进行改革。从自然垄断行业的根本特征与其所将面临的竞争环境来看，维持原有产业垄断地位但对企业经营机制进行现代化改造为上上之策。但如果某些自然垄断行业确实需要分拆，那么对之采取分拆方法也是未可厚非的。

第二、改革后产权仍然单一。在改革之前，我国自然垄断行业的所有业务包括相关的可竞争性业务均由国家垄断经营，所以导致了自然垄断产业产权的单一化。改革后的自然垄断行业中具有独立产权的主体基本为国有性质，民间性的资本很少。这影响了有效的市场竞争机制的完善。对于改革后自然垄断产业产权单一局面，这固然与自然垄断行业资本的大规模性有关，但并不排除其他因素的影响例如进入壁垒。根据《民航法》规定，设立航空公司应当具备符合国家规定的适应保证飞行安全要求的民用航空器、有必需的依法取得执照的航空人员、有不少于国务院规定的最低限额的注册资本和法律、行政法规规定的其他条件。这从资金规模、技术水平等方面对企业进入形成了一定的壁垒。除了资金和技术的要求，阻碍航空公司进入的最主要的壁垒是航空公司的行政审批。我国《民航法》规定，设立公共航空运输企业，应当向国家民航总局申请领取经营许可证，并依法办理工商登记。我国现有30余家航空公司均是在1984年至1996年批准设立的，但自1996年迄今中国邮政航空有限公司成立以来，民航总局没有批准新的航空公司设立，这表明我国航空运输业企业进入较高的进入壁垒。

第三、法人结构治理改革严重滞后。与对自然垄断行业改革所采取措施的严厉程度和所涉及的广泛程度相比，对相关企业法人治理结构的改革还不到位。改革后自然垄断行业的经营者在其法人治理结构上仍然存在很多的传统问题，如行政上的超强控制和产权上的超弱控制、董事长超强控制、股东缺位、三会失衡、激励与约束机制不健全等。这严重影响了我国自然垄断行业改革的效果。如果我们对自然垄断行业的改革仅仅停留在分拆上而不能够及时深入地对相关的企业法人治理结构进行匹配改革，那么改革的结果很可能是治标不治本或者导致我国的自然垄断产业被外来的竞争这所吞噬。这是谁都不愿意看到的结局。所以，无论我们对自然垄断行业采取那些改革方法与措施，必须及时的进行相应的企业经营机制建设，保证改革目标的实现与完善。

第四、政府管理滞后。虽然我国早已开始推进政企分开的改革工作，但到目前为止，政企分开的明朗度还比较低，导致了政府职能缺位与越位严重并存。这在传统上由政府经营的自然垄断行业中表现的尤为明显。例如政府对自然垄断企业人事权的过多干预和产权的照顾。既然改革的目的在于塑造一批自然垄断产业市场中独立的市场主体，那么政府在推进产业改革同时应及时转换自己的角色，实行政企分开、政资分开、政监分开，做好对自然垄断行业垄断性业务的划分、产业建设的规划、市场准入、市场管理等本职工作。

第五、相关配套立法严重滞后。虽然改革往往具有先行性使得相配套的法律产生显得相对滞后，但与西方发达国家相关产业改革的立法速度相比，我国的滞后程度比较严重。目前我国不仅没有相应的产业法，而且也没有专门的对垄断行业实施监管的法律法规，这极大地影响了我国产业改革的效果与进度。例如电力行业因缺乏竞价上网的制度，各发电公司之间难以在短期内开展竞争。因此，立法成为迫在眉睫的大事。我们应尽快出台《反垄断法》、《国家能源监管委员会法》熁蚱渌行业的监管委员会法、《石油法》、《天然气法》、《电信法》、《地方公用事业监管法》等并加快对《电力法》、《铁路法》、《民航法》等法律的修改工作，以适应现代监管的需要。