税收征管法第十九条规定，纳税人、扣缴义务人应当依照有关法律、行政法规和国务院财政、税务机关的规定设置帐簿，按照合法有效的记帐凭证记帐。《发票管理办法》第二十一条规定，凡从事生产经营活动的单位和个人，在支付商品、服务和其他经营活动费用时，应当向收款人取得发票。第二十二条规定，不符合条件的发票不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。《国家税务总局关于进一步加强普通发票管理的通知》第八条第二款规定，纳税人在日常检查中，不得使用不符合要求的发票，特别是不填写付款人全称的发票进行税前扣除、税款扣减，出口退税和财务补偿。发票只是税前扣除的合法有效凭证之一，所谓合法有效凭证，是指内容和方法符合有关税收法律法规和财务会计制度的会计凭证，包括原始凭证和记账凭证。根据会计制度，原始凭证包括：外部原始凭证，是指与其他单位发生经济往来时，从其他单位取得的凭证，如发票、飞机、火车票、银行收付款通知单等，以及企业采购物资时取得的船票；自制原始凭证是指本单位内部经办部门或人员在发生或完成经济业务事项时，如收料、领料、工单、成本计算等填写的凭证，根据《营业税暂行条例实施细则》第十九条规定，《条例》所称符合国务院税务主管部门有关规定的证明，是指：向境内单位或者个人支付，其行为属于营业税、增值税征收范围的，由该单位开具发票支付行政事业性收费或者政府性基金的，所出具的财务票据为合法有效的凭证；支付境外单位或者个人的，所出具的财务票据为合法有效的凭证，单位或者个人的签名文件应当是合法有效的证明；税务机关对签名文件有疑问的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明；国家税务总局规定的其他合法有效的证明。根据《关于工会经费税前扣除企业所得税证明问题的公告》，企业拨付的工会经费中不超过工资薪金总额2%的部分，凭工会经费收入专用收据在企业所得税前扣除工会组织自2010年7月1日起发布。

关于公益性捐赠税前扣除有关问题的补充通知规定，通过公益性社会组织发生的公益性捐赠费用，企业或者个人应当提供由县级以上财政部门印制并盖章的公益性捐赠票据省级（含省级）或由受赠单位盖章的非税收入一般缴款书，可以按规定在税前扣除。

综上所述，合法有效的税前扣除凭证包括加盖税务机关监制章的发票、经省级税务机关批准不加盖发票监制章的专业发票和财务票据，境外收据或公证书、工会经费收入专用收据、公益捐赠票据以及财政、税务部门批准的其他对外凭证等文件。根据《会计法》第十四条的规定，会计机构和会计人员必须按照国家统一会计制度的规定对原始凭证进行审计，对不真实、不合法的原始凭证有权不予受理，并向单位负责人报告；对记录不准确、不完整的原始凭证，应当予以退回，并按照国家统一会计制度的规定予以更正和补充。税收征管法第二十条规定，从事生产经营的纳税人的财务会计制度或者财务会计处理方法、会计软件，应当报税务机关备案。纳税人、扣缴义务人的财务会计制度或者财务会计处理方法与国务院或者国务院财政、税务主管部门的有关税收规定相抵触的，应当缴纳的税款，代扣代缴、代收代缴税款，依照国务院或者国务院财政、税务主管部门的有关税收规定计算。《企业所得税法》第二十一条规定，企业在计算应纳税所得额时，其财务会计处理方法与税收法律、行政法规规定不一致的，依照税收法律、行政法规的规定计算。

可见，对于合法有效的税前扣除凭证，税收法律、行政法规有明确规定的，纳税人按规定执行；没有明确规定的，纳税人按相关会计制度或会计处理方法执行。

例如：a企业2011年主营业务收入2100万元，其他业务收入300万元，本年管理费共列支业务招待费30万元。《企业所得税法实施条例》第四十三条规定，与企业生产经营活动有关的业务招待费，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5%。a企业税前扣除的业务招待费虽然为30×60%=18万元，但最高扣除限额为2400×5‰=12万元，因此只能从业务招待费中扣除12万元，应增加应纳税所得额（30-12）=18万元。