1.相关的法规体系不完善。随后各地根据本地实际情况出台了一些政策文件。但到目前为止，国家尚未制定统一的股份合作制法规。随着改革进程的加深，现有法规难以适应逐步出现的新情况和新问题，各地普遍认为股份合作制改革与发展缺乏统一的法律依据和规范引导。

2.政府机构改革和职能转变滞后。有部分企业反映，改制后虽然国有股比例很低甚至没有，但上级主管部门或主管局仍然把这些企业作为下属企业管理，如下达各种生产经营指标，收取管理费，考核企业的总经理等。但若完全脱离主管部门，企业有些信息来源及出国审批一时又难以找到对口部门解决。

3.政策不配套。与实力雄厚的大企业相比，股份合作制企业在资金、人才、市场开拓等方面缺乏足够的竞争实力和能力，其发展需要政策的扶持。一些由国有企业改制的企业反映改制前因为有上级主管部门支持，企业比较容易得到银行贷款；改制后，企业与原主管部门脱离了经济关系，银行在没有信誉担保的情况下，不愿向企业贷款，企业流动资金来源受阻，给生产和发展造成不利影响。还有一些企业反映；由于缺乏资金，工资和福利待遇远不如相同规模的“三资”企业和民营企业，难以吸引人才，更难以留住人才。另外，由于各部门、各区县对政策的理解各异，在执行时把握尺度不一，政策效应难以统一。

从微观层面来看，国有及集体企业在股份合作制改革及发展过程中，也遇到了一些新问题：

1.股权平均化助长了新的平均主义。以股份合作制的方式对国有和集体企业进行改造，意在通过企业职工劳动和资本的双重联合，调动全体劳动者的积极性，从而增强企业的竞争力，促进经济发展。但在改革实践中，由于股份合作制企业职工股权大体平均，改制运行一段时间后带来一些弊端：一是容易形成新的大锅饭；二是经营者的权利、责任和义务不对称，激励作用减小；三是决策效率低，一人一票的表决方式在很多重大问题上不容易形成一致的意见，职工股东更关心分红而不是企业的积累和长远发展，表现出决策过程的短期化行为。

2.改制不规范。国有和集体小企业改制存在许多不规范现象，如对存量资产的界定和评估缺乏科学统一的依据；一些企业的股东会形同虚设，实行”家族式”管理。实际上由少数人说了算；少数企业的经营者缺芝应有的经营管理能力和综合素质。

3.资产流动、人员进出有障碍。股份合作制企业以企业内部职工持股为主，对企业外部投资人持股有很大限制，造成股权的封闭性，不利于股权转让及资产流动。另一方面，股份合作制企业提倡人人持股或大多数人持股，职工集股东与劳动者于一身，当职工出现流动而调出企业时，按公司章程规定，职工会失去股东身份，因此不利于人力资源的流动与优化。