1、专利侵权诉讼中，与侵权行为有关的账簿、资料主要由侵权人掌握的，按以下情形处理：

(1)人民法院可以责令侵权人提供与侵权行为相关的账簿、资料；

(2)侵权人不提供或者提供虚假的账簿、资料的，人民法院可以参考权利人的主张和提供的证据判定赔偿数额。

2、法律依据：《中华人民共和国专利法》

第七十一条

侵犯专利权的赔偿数额按照权利人因被侵权所受到的实际损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定；权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。对故意侵犯专利权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定赔偿数额。

权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予三万元以上五百万元以下的赔偿。

赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。

人民法院为确定赔偿数额，在权利人已经尽力举证，而与侵权行为相关的账簿、资料主要由侵权人掌握的情况下，可以责令侵权人提供与侵权行为相关的账簿、资料；侵权人不提供或者提供虚假的账簿、资料的，人民法院可以参考权利人的主张和提供的证据判定赔偿数额。

一、怎样侵权诉讼要收集什么证据

1、有关侵权者情况的证据

了解侵权者确切的名称、地址、企业性质、注册资金、人员数、经营范围等情况，都是专利权人首先应该了解的，了解了这些情况对专利权人对付专利侵权应采取什么样的策略是很重要的。

2、有关侵权事实的证据

构成专利侵权的前提是必须要有侵权行为。因此，证明侵权者确实实施了侵犯专利权的行为的证据在处理侵权过程中是至关重要的。这些方面的证据有侵权物品的实物、照片、产品目录、销售发票、购销合同等。

3、有关损害赔偿的证据

专利权人可以向侵权者要求损害赔偿。要求损害赔偿的金额可以是专利权人所受的损失。但专利权人要提供证据，证明因对方的侵权行为，自己专利产品的销售量减少，或销售价格降低，以及其他多付出的费用或少收入的费用等损失。

要求损害赔偿的金额也可以是侵权者因侵权行为所得的利润。专利权人要提供证据，证明侵权者的销售量、销售时间、销售价格、销售成本及销售利润等。以此为依据，计算侵权者所得的利润。要求损害赔偿的金额还可以是不低于专利权人与第三人的专利许可证贸易的专利许可费。为此，专利权人要提供已经生效履行的与第三人的专利许可证协议。