1、如果分公司和总公司之间是独立核算的，可以相互开发票，但开发票的时候，要注意按市场公允价格来计算劳务、商品的价值，不能按自己的需要来计算，这叫关联交易。

2、如果相互之间不是独立核算的，而且又是在同一个区域内，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的，可以汇总来汇算企业所得税，但总、分公司之间的交易，一般不得开发票，如果属于跨区域调拨货物等增值税视同销售行为，才能开发票。

一、关联公司可以互相开发票吗？

可以。

如果有业务往来且业务是真实发生的，可以互相开具增值税发票。

增值税发票是购销商品，提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款项凭证。因次开发票是两个公司直接的交易行为，而不考虑公司股东是谁。同一个法人的两个企业之间可以真实存在的业务按照普通两个公司之间的交易开据增值税发票即可。

买方为企业的，在索取增值税普通发票时，应向卖方提供纳税人识别号或统一的社会信用代码。卖方开具增值税普通发票时，应在“买方纳税人识别号”栏填写买方纳税人识别号或统一社会信用代码。不符合规定的发票，不得作为完税收据。

二、总公司和总分公司能一个地方开票吗

一般情况下，分公司如果是独立核算，就可以与总公司相互开具发票，各自进行汇算清缴;反之，分公司如果不是独立核算，就不可以和总公司相互开发票;分公司的帐务、报表汇总到总公司，由总公司进行汇算。分公司开发票必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。如果分公司业务开具的是增值税发票，分为以下三种情况：1、分公司如果是一般纳税人，就可以与总公司互相开具增值税专业发票。2、如果分公司是小规模纳税人，只能开具普通发票，而且总公司不能抵扣应缴税款;总公司也只能给分公司开具普通发票，分公司不存在着抵扣问题。3、小规模纳税人可以向税务部门提出申请，委托代开增值税税率为3%(自09年起不再区分工、商业，一律按照3%征收)的专用发票，但是对方公司只能3%的进项税额，从自己的销项税额中抵扣。