进行拆迁的时候，如果小产权房是属于合法建筑的，获得的拆迁补偿不会比有证房屋低，如果是违法建筑的，甚至没有拆迁补偿。

相关法律规定

《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第二十一条被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。

被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。

因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。

第二十四条市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。

市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿;对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。

一、小产权房属于违章建筑吗

一般地，以下情形建成的房子即属于违章建筑：

1、未申请或申请后未获得批准，并未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证而建成的房子;

2、擅自改变建设工程规划许可证的规定建成的房子;

3、擅自改变了使用性质建成的房子;

4、临时建筑建设后超过有效期未拆除成为永久性建筑的房子;

5、通过伪造相关材料向主管部门骗取许可证而建成的房子。

所以，小产权房是否属于违章建筑将根据以下两种情况判断：

1、在集体建设用地上建成的小产权房，依法办理了审批手续后，即属于合法建筑。

简单地说，就是利用宅基地建成的房子，法律上是允许在该土地上建房的，所以依法获得审批后，即属于合法建筑，并且不会被拆迁。

2、在集体企业用地或者占用耕地违法建成的房子，违反土地管理法，属于非法建筑，可能遭到拆迁。

按照土地管理法规定，农村集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农建设，而建成房子属于非农建设，所以属于非法建筑，一旦被发现，可能被拆。