合同无效仲裁协议一般会有效，因为仲裁协议属于解决争议的条款。法律规定，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。争议解决条款就是解决在纠纷时解决问题的一种方式。不会因为主合同内容的无效而无效。

一、建设工程施工合同无效违约条款是否有效?

无效。合同无效、被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。但是，违约金条款不属于解决争议的条款，争议解决条款是指合同中约定的，如果双方发生争议，是选择仲裁还是诉讼等条款。因此，如果合同无效，违约金条款也无效。

二、行政合同纠纷

任何一种违约行为都可能引起合同纠纷。对于合同纠纷，当事人可以通过下列途径解决：和解、调解、仲裁、诉讼。1.和解。和解是由争议各方根据合同约定的违约责任和各方实际情况，自行协商而不需通过司法程序解决纠纷的方式。和解是纠纷常见的解决方式。但由于和解协议缺乏的法律约束力，有些人可能会出尔反尔，使和解结果成为一纸空文，延误了纠纷的有效解决。2.调解。调解是由争议各方选择信任的第三方居中，就合同争议进行调解处理。调解通常是以各方互谅互让为原则进行。此方法解决纠纷的可能性较和解大一些，但由于调解协议与和解协议一样不具有强制性效力，也使得纠纷的解决难尽人意。所以经常会出现调解难以满足人们的需要从而选择其他方式的情况。3.仲裁。仲裁指争议各方根据合同中的仲裁条款或者纠纷发生以后达成的仲裁协议，将争议提交法定的仲裁机构，由仲裁机构依据仲裁规则居间进行居中调解，依法做出裁定的方式。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。并可根据生效的仲裁协议申请强制执行。4.诉讼。诉讼是解决合同争议的最后方式。是指人民法院根据争议双方的请求、事实和法律，依法做出裁判，藉此解决争议的方式。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。在法院接受了诉讼之后，通过对于案件的分析来给出最后的诉讼结果。

三、什么情况下的土地承包合同无效

以下情况下的土地承包合同无效：

1、一方以欺诈、胁迫的手段签订土地合同，损害国家利益的；

2、恶意串通，损害国家利益、集体利益或者第三人利益的；

3、以法律形式掩盖违法目的的合同；

4、损害社会公共利益的；

5、违反有关法律、法规的规定，不得收回、调整承包地。

根据《中华人民共和国民法典》的规定，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。