依据行政诉讼法司法解释的规定，公民对红头文件的合法性有异议时，可以提起行政诉讼，由法院审理文件的合法性，如果不合法的，法院可以要求发布文件的机关作出修改或者废除。

《最高人民法院关于适用《中华人民共和国行政诉讼法》的解释》

第一百四十五条公民、法人或者其他组织在对行政行为提起诉讼时一并请求对所依据的规范性文件审查的，由行政行为案件管辖法院一并审查。

第一百四十六条公民、法人或者其他组织请求人民法院一并审查行政诉讼法第五十三条规定的规范性文件，应当在第一审开庭审理前提出；有正当理由的，也可以在法庭调查中提出。

第一百四十七条人民法院在对规范性文件审查过程中，发现规范性文件可能不合法的，应当听取规范性文件制定机关的意见。

制定机关申请出庭陈述意见的，人民法院应当准许。

行政机关未陈述意见或者未提供相关证明材料的，不能阻止人民法院对规范性文件进行审查。

第一百四十八条人民法院对规范性文件进行一并审查时，可以从规范性文件制定机关是否超越权限或者违反法定程序、作出行政行为所依据的条款以及相关条款等方面进行。

有下列情形之一的，属于行政诉讼法第六十四条规定的“规范性文件不合法”：

(一)超越制定机关的法定职权或者超越法律、法规、规章的授权范围的；

(二)与法律、法规、规章等上位法的规定相抵触的；

(三)没有法律、法规、规章依据，违法增加公民、法人和其他组织义务或者减损公民、法人和其他组织合法权益的；

(四)未履行法定批准程序、公开发布程序，严重违反制定程序的；

(五)其他违反法律、法规以及规章规定的情形。

第一百四十九条人民法院经审查认为行政行为所依据的规范性文件合法的，应当作为认定行政行为合法的依据；经审查认为规范性文件不合法的，不作为人民法院认定行政行为合法的依据，并在裁判理由中予以阐明。作出生效裁判的人民法院应当向规范性文件的制定机关提出处理建议，并可以抄送制定机关的同级人民政府、上一级行政机关、监察机关以及规范性文件的备案机关。

规范性文件不合法的，人民法院可以在裁判生效之日起三个月内，向规范性文件制定机关提出修改或者废止该规范性文件的司法建议。

规范性文件由多个部门联合制定的，人民法院可以向该规范性文件的主办机关或者共同上一级行政机关发送司法建议。

接收司法建议的行政机关应当在收到司法建议之日起六十日内予以书面答复。情况紧急的，人民法院可以建议制定机关或者其上一级行政机关立即停止执行该规范性文件。

哪些情况可以提行政诉讼

1、对拘留、罚款、吊销许可证和执照、责令停产停业、没收财物等行政处罚不服的；

2、对限制人身自由或者对财产的查封、扣押、冻结等行政强制措施不服的；

3、认为行政机关侵犯法律规定的经营自主权的；

4、认为符合法定条件申请行政机关颁发许可证和执照，行政机关拒绝颁发或者不予答复的；

5、申请行政机关履行保护人身权、财产权的法定职责，行政机关拒绝履行或者不予答复的；

6、认为行政机关没有依法发给抚恤金的；

7、认为行政机关违法要求履行义务的；

8、认为行政机关侵犯其他人身权、财产权的。

除前款规定外，人民法院受理法律、法规规定可以提起诉讼的其他行政案件。