改制过程中劳动关系的处理一般包括劳动合同的变更、解除、终止以及对停薪留职、自谋职业、工伤、患病或非因工负伤等其它特殊情况的处理等几方面。

（一）劳动合同的变更、解除、终止国有企业改制通常会有两种情况

1、第一种情况是企业进行整体改制，改制后原企业变更为改制后的新企业，但新老企业实际为一个民事法律主体；

2、第二种情况是企业部分进行改制，改制后原企业仍然存在，进行改制的部分重新设立一家新的企业，即新老企业分立为两个相互独立的民事法律主体，其典型表现就是国有大中型企业实施主辅分离辅业改制。

对于企业整体改制，因改制后原劳动合同中的双方当事人并未发生主体上的变化，即改制后的企业与改制前的原企业仍为同一民事法律主体，原劳动合同对用人单位及职工双方仍然是有效的，改制后的企业应当按照原合同的内容条件继续履行原合同。

但由于企业改制会导致企业在经营和管理方面发生很大的变化，如果一味地要求改制后的企业必须要严格履行原先劳动合同的全部内容，通常是不现实的也不利于企业改制后的顺利发展。因此，原劳动部在《关于企业实施股份制和股份合作制改革中履行劳动合同问题的通知》规定了：“由于企业改制导致原劳动合同不能履行的，企业与职工应当依法变更劳动合同。”：“在企业实施股份制或股份合作制改造过程中，与职工经协商确实不能就变更劳动合同达成一致意见的，可以按照《劳动法》第二十六条（三）项的规定办理。”。但企业应当先与职工协商变更劳动合同，协商达不成一致时，企业才可以依法解除劳动合同。另外，根据《劳动法》的相关规定，企业与职工解除劳动合同时必须提前30日以书面形式通知劳动者本人，并应当向劳动者支付经济补偿金。对于企业实行主辅分离辅业改制，分流出来的辅业必然会成立一个新公司，而分流到辅业去的职工与原企业的劳动合同关系也肯定要发生变化。

根据国家经贸委、财政部、劳动保障部、国土资源部、人民银行、税务总局、工商总局、全国总工会《印发的通知及相关文件的规定，国有大中型企业辅业改制后的所有制形式不同，企业与职工劳动关系的处理方式也不同。

第一，分流到国有法人绝对控股改制企业的职工，应当变更劳动合同，具体办法采取与原主体企业解除劳动合同，与改制企业签订期限不短于3年的新劳动合同的方式。由改制企业继续与职工履行原劳动合同约定的权利和义务，改制企业不需向职工支付经济补偿金。

第二，对分流到非国有法人控股改制企业的职工，原主体企业应当与其办理解除劳动合同手续，并依法支付经济补偿金；改制企业应当与职工重新签订期限不短于3年的劳动合同。

（二）停薪留职、自谋职业、工伤、患病或非因工负伤等其它特殊情况的劳动关系处理

对于停薪留职的职工，企业在实施改制时，一般应当由企业通知其限期返回单位，协商处理劳动关系。协商一致的，可比照企业其他职工处理其劳动关系；协商不一致的，可由原企业与其解除劳动关系，支付经济补偿金。若在通知发出后逾期不归的，按自动离职处理，解除劳动关系，可不支付经济补偿金。对于企业改制前经过单位允许自谋职业，尚未解除劳动关系的职工，可按协商一致的原则，解除劳动合同关系，给予经济补偿金。在企业改制前，职工自谋职业并已解除劳动关系的，则不再参加企业改制。对于工伤的职工，应当按照《工伤保险条例》的相关规定，被鉴定为一级至四级伤残的职工，与企业保留劳动关系，退出工作岗位，享受工伤保险待遇，由工伤保险基金根据相关规定承担相应费用；被鉴定为五至十级伤残的职工，如在企业改制时提出与企业解除或终止劳动合同关系，可按《工伤保险条例》等相关规定一次性计发医疗和就业补助金，并支付经济补偿金。对于患病或非因工负伤在规定医疗期内正在治疗的职工，可比照其他职工同样参加改制，并继续享有医疗期待遇。职工在医疗期满后如既不能从事原工作也不能从事企业另行安排的工作的，企业可依法与其解除劳动合同并支付经济补偿金。同时，企业还应当支付不低于6个月工资的医疗补助费。