海关行政诉讼除遵循诉讼法的共有原则，如司法机关依法独立行使职权的原则，公民在适用法律上一律平等的原则，以事实为根据、以法律为准绳的原则，公开审判、回避、合议、两审终审制的原则，辩论的原则和各民族公民都有权使用本民族语言、文字进行诉讼活动的原则等外，还应遵循行政诉讼特有的原则。

(一)人民法院审查具体行政行为合法性的原则人民法院只对具体行政行为的合法性进行审查。至于行政机关的具体行政行为是否适当，原则上由行政机关自行处理。虽然《中华人民共和国》也规定了人民法院对显失公平的行政决定可以变更，但这只是表明人民法院具有一定的权威性，在司法实践中一般不予采用。这是《中华人民共和国行政诉讼法》确定的重要原则，体现了对行政机关的行政决定实施司法审查的监督机制。

(二)行政复议自行选择的原则《中华人民共和国行政诉讼法》规定，当事人对行政机关的具体行政行为不服，可以自行选择向作出具体行政行为的海关的上一级海关申请复议，也可以选择直接向人民法院起诉。赋予当事人自行选择的权利是我国法制民主性的充分体现。当然，考虑到纳税争议的专业性较强，《海关法》规定了复议前置的程序，即当事人只能向上级海关申请复议，只有对复议决定不服的，才可以向人民法院提起诉讼。

(三)诉讼期间不停止执行的原则为了保持行政管理的连续性和法律上的执行力，在行政诉讼中，海关作出的具体行政行为并不因原告的起诉而停止执行。海关行政诉讼是由1987年《海关法》的颁布而确立的。《中华人民共和国行政诉讼法》颁布后，在我国建立了全面、规范的行政诉讼制度。凡是涉及公民、法人切身利益的情事，应赋予公民、法人诉诸司法保护的权利，这是法制国家的重要原则。我国在推进社会主义法制逐步完善的进程中，一方面要求国家行政机关依法行政，另一方面又建立行政诉讼制度，允许公民、法人在对行政机关的具体行政行为不服时诉至人民法院，请求审查其合法性。这不仅是对国家行政机关依法行使行政职权的监督，而且也是对公民、法人或其他组织合法权益的保护。根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，人民法院受理公民、法人和其他组织对海关具体行政行为不服提起的诉讼有：1．对海关作出的罚款、没收、警告、暂停或取消从业资格等行政处罚决定不服的；2．对海关决定征收的关税和其他税费发生争议的；3．对海关扣留进出境货物、物品、运输工具及与之相关的文件、账册、资料和对海关将走私罪嫌疑人扣留移送等强制措施不服的；4．认为符合法定条件，申请海关颁发许可证和，海关拒绝颁发或者不予答复的；5．认为海关不作为而要求海关履行法律义务的；6．认为海关侵犯法律规定的企业的经营自主权的；7．认为海关侵犯其他人身权、财产权的。