首先，确立刑事管辖权异议制度是刑事诉讼法制原则的必然要求。在刑事诉讼中国家赋予司法机关相应的权力，设置相应的刑事诉讼程序，要求司法机关严格按照刑事诉讼法的规定对犯罪进行控制，禁止国家司法机关之外的其他机关、团体和个人私自追究犯罪、控制犯罪。对刑事管辖权的原则性规定，有关司法解释进行了具体划分，赋予了各司法机关在刑事诉讼中控制犯罪的具体权能，这正是从积极的角度实现国家对犯罪进行程序性的控制。确立刑事管辖权异议，赋予被告人等对司法机关错误行使管辖权的行为提出异议，能从消极的角度纠正司法机关错误行使管辖权的行为，使有管辖权的司法机关准确、及时地行使刑事管辖权，保证刑事诉讼程序合理启动、规范运行，进而从程序上实现国家对犯罪的控制。确立刑事诉讼管辖权异议正是贯彻刑事诉讼的法制原则，保证司法机关对犯罪进行控制的有效措施。

其次，确立刑事管辖权异议是保障人权的有效手段。

1、对保护被告人、犯罪嫌疑人的意义。在自诉案件中，自诉人与被告人的地位基本平等。法院居中进行裁决，法律对自诉人和被告人的保护和关照基本相当;在公诉案件中公安等侦查机关侦查终结后，检察机关代表国家主动追究被告人的刑事责任，检察机关在追究犯罪嫌疑人刑事责任的同时，也对被害人的合法权益予以充分考虑和保护。但被告人无论在自诉案件中或公诉案件中均处于被追诉的地位，尤其在公诉案件中，被告人的防御能力与国家检察机关的追诉力量相比较常常处于劣势。因此在刑事诉讼中除了保护自诉人和被害人的合法权益外，更重要的是应当保护犯罪嫌疑人、被告人的人权。确立对刑事诉讼管辖的异议权，也有利于刑事诉讼中的人权保障，尤其是犯罪嫌疑人、被告人的人权保障。

2、对保护被害人的意义。在刑事诉讼中如果犯罪嫌疑人、被告人的犯罪行为是真实的，那么此时被害人的权利比二者更应该受到保护。司法机关如果错误行使管辖权则有可能导致二者获得不正当的利益，使被害人的利益遭到损害，被害人应该有提出管辖异议的权利，以维护自己的合法权益。例如，被告人抢劫了被害人的巨额财产并导致被害人重伤，在此情况下，应由中级法院进行管辖。假如此时基层法院进行了管辖，则可能使被告人获得比较低的量刑，那么对被害人来说是极为不公平的，被害人在这种情况下完全可以提出管辖权异议。

再次，确立刑事诉讼管辖权异议是犯罪嫌疑人、被告人充分行使辩护权的重要方面。从刑事诉讼过程来看，有追诉、审判活动，就有防御、辩护活动;从刑事诉讼主体来看，有追诉人、追诉机关或者审判机关，就有被追诉、被审判的犯罪嫌疑人、被告人。在刑事诉讼中，追诉和防御是永恒的主题，控诉和辩护是绝对的对立。犯罪嫌疑人、被告人在刑事诉讼中行使防御、辩护权的方式主要有四个方面：其一，承认有罪，请求对其从轻、减轻处罚或免除对其刑事处罚;其二，否认有罪，要求司法机关对其作无罪处理;其三，认为追诉机关指控的犯罪事实不清、证据不足、指控的罪名不能成立，要求司法机关对其按无罪处理;其四，对司法机关的管辖权提出异议，否认司法机关的管辖权，使司法机关对其的追诉失去法律效力，排除司法机关追诉的实际危害和潜在危险。辩护权是犯罪嫌疑人、被告人的基本权利，由辩护权可以引申、演绎出诸多的诉讼权利，除了刑事诉讼法赋予的各项权利外，对刑事诉讼管辖的异议权也应当是其辩护权中的一项权力。

最后，确立刑事诉讼管辖权异议是犯罪嫌疑人、被告人主体身份强化的标志。控诉、辩护、审判是刑事诉讼三大基本职能，犯罪嫌疑人、被告人在刑事诉讼中具有独立的诉讼地位并对刑事诉讼的启动、运行和终结产生决定性的作用。刑事诉讼法确立犯罪嫌疑人、被告人的主体身份，允许其对公安司法机关的追诉和裁判进行直接、有效的对抗，允许其从多方面、多渠道行使辩护权，允许其在涉及个人基本权益的诉讼事项上积极主动地行使选择权和决定权。确立犯罪嫌疑人、被告人对刑事管辖的异议权，还是体现并强化犯罪嫌疑人、被告人主体身份特征的重要方式。