1、必须严格遵守运用证据的一般规则：

（1）一切证据材料所表明的事实都必须是客观存在的事实，否则不能作为定案的根据；

（2）一切间接证据必须与案件主要事实存在客观联系；

（3）间接证据的收集程序必须合法，方法必须科学。

2、间接证据必须形成完整的证明体系。

3、间接证据与案件事实之间以及间接证据相互之间必须协调一致，没有矛盾。

4、间接证据的证明体系必须足以排除其他可能性，得出的结论必须是唯一的。

上述四项原则必须同时具备，才能作出有罪的认定。

一、间接证据如何判断

证明案件真实情况的一切事实，都是证据。一起案件中的证据有很多，所谓间接证据，就是指本身不能直接证明案件的主要事实，而需要同其他证据结合起来才能证明案件主要事实的证据。单独一个间接证据不能直接证明案件的主要事实，它只有同其他证据结合起来才能查明主要事实。间接证据具有依赖性、关联性，间接证据对案件主要事实的证明方法是推断，同时间接证据具有排他性。对刑事诉讼中的间接证据的审查判断，应从三方面进行：

1、查物证的来源是否合法，其外形属性等特征是否与案件事实有联系，看有无假冒和伪造的情况。

2、查证人的品质，与犯罪嫌疑人的关系及其他客观条件，看是否出于不良动机或受其他影响，使提供的证言失实。

3、查鉴定材料是否可靠，鉴定人是否有一定的专业知识和资格，看鉴定结论是否准确可信。

二、间接证据倾向性规则的体现

倾向性间接证据是一种非典型意义上的间接证据，是指鉴定人员接受委托或聘请对案件中提请鉴定的某些专门性问题进行检验、鉴别和评定后，由于种种主观或客观上的原因，未能予以肯定或否定，只是提出了自己对该问题的倾向性看法的一种间接证据。倾向性的间接证据是一种未置可否的不确定的意见，对案件事实的证明程度并未达到证据要求的标准。

因此，虽然倾向性的间接证据对案件事实中的专门性问题也进行了分析、判断和讨论，而且，这种倾向性的间接证据在案件的侦查阶段可以起到一定的作用。如：可以为侦查机关提供侦查方向与范围；在审查起诉阶段可与其他证据相印证，作为参考意见使用等等。但由于其最终没有形成一种确定性结论，因此，并不具有作为证据的要件之一的证据能力，导致了其对证明案件事实并没有实质性的意义，不能作为证据使用，因而丧失了间接证据——作为一种法定证据应有的最基本的但也是最重要的功能。