对于本罪的理解和认定，司法实践中存在诸多争议。非法行医罪是指：未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或单处罚金;严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。

共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪，这是中国刑法第25条第款对共同犯罪所下的定义，根据这一定义，构成共同犯罪必须具备以下要件，一是犯罪主体必须是两人以上，二是客观方面必须具有共同的犯罪行为，三是主观方面必须具有共同的犯罪故意。根据以上分析，可以看到，共同犯罪只存在于直接故意和间接故意两类罪过形式中，在过失犯罪中不存在共同犯罪的情况。如前所述，非法行医罪的主观特征表现为直接故意，而对于造成就诊人死亡、身体健康受损的后果则是间接故意或过失。在一般情况下，共同犯罪可以在任何一类故意犯罪中出现，那么在非法行医罪中，在哪些情况下可能会出现共同犯罪呢?不妨对以下几种情况作一分析：

一、是雇佣没有执业资格的人行医，对于被雇佣者可作为非法行医罪之主体，自无疑问，但对于雇主是不是一定构成非法行医罪呢?这应分情况对待之：明知受雇者不具备执业资格，仍然雇佣的，为适格之主体，但由于受被雇佣者欺骗(如用假医师执业证)而雇佣没有执业资格的人行医的，则不应将其按非法行医罪论处，因为这不符合共同犯罪的主观要件，即没有共同的故意。

二、是数人合伙非法开办诊所，其中一人诊治行为单独导致严重后果，应如何处理?，对其他合伙人应按共同犯罪处理。因为该数人合伙开办诊所，具有共同的犯罪故意，尽管其他合伙人的行为并没有直接造成严重后果，但非法诊所的存在为非法行医的发生创造了条件，对犯罪结果的发生具有不可推卸的责任。当然，对于该数人处罚应分清责任，即对于其中的负责人和直接行为人以主犯论处，而对于其他人一般以从犯论处。

三、是出借(出租)、转让、出卖“医疗机构执业许可证”，他人利用该许可证进行非法行医，造成严重后果，对于出借(出租)、转让、出卖人可否按非法行医罪论处呢?，应按非法行医罪的共犯论处。原因在于：行为人对于他人没有合法的许可证，并利用其许可证进行非法行医这一事实是明知的，而且行为人的行为使他人的非法行医行为更具有隐蔽性，使他人的非法行医行为更为便利，对社会造成危害的可能性也更大。但应看到，行为人的行为对他人的非法行医行为一般只起到辅助作用，故宜按从犯从轻或减轻论处。

四、是对于亲戚和朋友为非法行医者出资、免费提供场所，是否构成非法行医的共犯呢?对于这个问题，应分别对待，不能一概而论。在实践中，亲戚、朋友为非法行医者提供物资上的帮助，往往不知道开办医疗机构应具备哪些条件，而且法律上也没有规定对于此种情形，亲戚、朋友有审查的义务。一般情况下，亲戚、朋友仅仅是一般意义上的帮助，不具有从中牟利或其他非法目的，主观上不具有共同的犯罪故意，因此不宜按非法行医罪的共犯论处。但对于明知非法行医者没有“两证”，仍为其提供便利，造成严重后果的，则应按非法行医罪从犯论处。

五、是对在非法医疗机构中工作的护士、勤杂人员，如会计、保安等应如何处理呢?这主要看前述人员主观上是否与他人具有共同的故意行为，即是否明知其所在的医疗机构没有“医疗机构执业许可证”。若明知该机构没有“医疗机构执业许可证”，则说明上述人员至少已经知道该机构处在非法状态中，且其行为客观上对严重后果的造成具有帮助作用，自然应按非法行医罪的从犯论处。当然，对于加入时间较短、对严重后果的造成所起的作用较小者，则只宜按一般违法行为处理，而不必追究刑事责任。