电子专用发票和纸质专用发票的区别如下：

1、介质不一样：

普通纸质发票是以纸张的形式呈现的；

而电子发票多以数字化方式呈现。

2、保存方式不一样：

普通纸质发票需要保存好纸质发票，电子发票只需保存电子档，必要的时候再打印，可以避免因丢失纸质发票带来的诸多不便；

3、成本不同：

与传统纸质发票相比，电子发票管理系统可以在线开票，节省发票工本费、税控机成本以及相关人力成本；

4、发票联次不同：

纸版专票有三联版和六联版，基本联次为三联：第一联为记账联，是销售方记账凭证；第二联为抵扣联，是购买方的扣税凭证；第三联为发票联，是购买方的记账凭证。

电子专票只有一联，销售方和购买方都一样。

5、冲红操作不同：

纸版专票的冲红比较繁琐，要考虑蓝字专票是否已经交给购买方、购买方是否已经抵扣进项税额、已交给购买方但购买方未抵扣的是否退还给销售方等若干种情形，进而再决定《开具红字增值税专用发票信息表》的开具方。

电子专票的冲红更加简洁，不再考虑电子专票是否已经交付给购买方，只看电子专票是否已经抵扣，已经抵扣进项的，由购买方开具《信息表》，未抵扣的由销售方开具《信息表》。

法律依据：《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三条

发票的基本联次包括存根联、发票联、记账联。存根联由收款方或开票方留存备查；发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证；记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。

省以上税务机关可根据发票管理情况以及纳税人经营业务需要，增减除发票联以外的其他联次，并确定其用途。第七条全国统一的发票防伪措施由国家税务总局确定，省税务局可以根据需要增加本地区的发票防伪措施，并向国家税务总局备案。

发票防伪专用品应当按照规定专库保管，不得丢失。次品、废品应当在税务机关监督下集中销毁。第十条监制发票的税务机关根据需要下达发票印制通知书，被指定的印制企业必须按照要求印制。

发票印制通知书应当载明印制发票企业名称、用票单位名称、发票名称、发票代码、种类、联次、规格、印色、印制数量、起止号码、交货时间、地点等内容。

电子发票是否能开增值税专用发票

电子发票可以开增值税专用发票。新推出的增值税电子专用发票具有样式简洁、领用快捷、交付便利、管理高效、储存经济等多种优势，有利于更好地服务市场主体，降低其制度性交易成本，其法律效力、基本用途、基本使用规定等与纸质专票相同。凡是已经认定为是普通纳税人的企业，必须要通过防伪税控系统开具增值税专用发票。如果不是防伪税控系统开具的增值税专用发票，是不可以申报进项税额抵扣的。普通纳税人在正常的经营中没有规定增值税专用发票的使用期限，但是已经被取消一般纳税人资格的纳税人，必须要及时缴纳并注销，包括空白的专用发票和专用发票的存根。电子专票属于增值税专用发票，其法律效力、基本用途、基本使用规定等与增值税纸质专用发票以下简称纸质专票相同。与纸质专票相比，电子专票具有以下几方面优点：发票样式更简洁，领用方式更快捷，远程交付更便利，财务管理更高效，存储保管更经济，社会效益更显著。