一般原则，对于未成年人强奸罪会从轻或减轻处罚。而对于一些特殊情况会有特殊处理。

根据最高人民法院《关于审理未成年人刑事案件具体应用法律若干问题的解释》的规定：对未成年人罪犯适用刑罚，应当充分考虑是否有利于未成年人罪犯的教育和矫正。并应充分考虑其实施犯罪的目的和动机，以及犯罪的年龄、是否是初犯、悔罪表现、成长经历等因素。具体分析如下：

(一)把握全案整体和个案的区别，不能“一刀切”

1、对未成年人的强奸案要有整体把握，即实行“教育、感化、挽救”的方针，坚持“教育为主，惩罚为辅”的原则，在量刑上，应当从轻或减轻处罚。

2、以暴力、胁迫或其他手段强奸妇女的，构成强奸罪，处三年以上十年以下有期徒刑。

3、强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑：

(1)强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的;(2)强奸妇女、奸淫幼女多人的;(3)在公共场所当众强奸妇女的;(4)二人以上轮奸的;(5)致使被害人重伤、死亡或造成其他严重后果的;

4、奸淫不满十四周岁幼女的，从重处罚。

(二)法定情节和酌定情节的适用情况

未成年人强奸案件应当依法考虑的法定情节有初犯、自首、立功、从犯、胁从犯、未遂、预备犯、中止犯等。应当将法定情节作为确定量刑幅度的主要依据，再考虑酌定情节。既不能将法定情节作为唯一的量刑标准，忽视酌定情节，也不能强化酌定情节而弱化法定情节，应该把二者有机结合起来，终合考虑。

(三)根据最高人民法院出台的《关于审理未成年人刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第六条规定：“已满十四周岁未满十六周岁的人偶尔与幼女发生性行为，情节轻微、未造成严重后果的，不认为是犯罪。”未成年人犯强奸罪如何处罚，应该从以下几方面分析：

1、针对的犯罪主体是已满十四周岁未满十六周岁的未成年人。

2、衡量一个人的行为是否犯罪，要同时构成三个要件，即社会危害性、刑事违法性、刑法当罚性。如双方是恋人关系或其他关系发生了性行为，没有强迫，完全是出于自愿，对于这样的越轨行为，我们只能通过道德手段加以纠正。

3、必须是偶尔、而且是情节轻微、未造成严重后果。解释使用的“偶尔、情节轻微、未造成严重后果”是给司法机关的自由裁量权留有一定的空间。

《中华人民共和国未成年人保护法》第五十四条对违法犯罪的未成年人，实行教育、感化、挽救的方针，坚持教育为主、惩罚为辅的原则。

对违法犯罪的未成年人，应当依法从轻、减轻或者免除处罚。