1、工程量之争。土建工程的工程量之争主要集中在合同生效后增加的工程量及对隐蔽工程的详细数据未做三方(发包方、承包方与监理公司)签字的记录，仅凭承包方施工日记进行结算，发包方提出异议。安装工程的工程量之争，主要集中在隐蔽在墙体中的管线铺设记录与确认问题。

2、计费系数之争。该争议主要是由于承包方资质变更或者施工队属于挂靠单位或者承包方由不同资质的单位合作组成，资质之争表现在结算领域就是计费系数之争。

3、大型机械租赁费用的计费之争。许多建设工程需要承包方对外租赁大型机械设备，例如台搬等。按照建筑行业惯例，这些大型机械的租金应该在工程款外另行计费，特别是为了赶工期时，更是如此。承包人租赁时一般有说明，发包方为赶工期也不否认，但进行工程结算时发包方总觉得在合同款外另行支付设备租金不合算，认为承包方使用的机械应该由承包方自行负责，总找理由拒付。

4、竣工决算时间之争。建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，然后报经发包方审核，达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程“竣工”。“竣工”这一概念在建设工程领域本来是一个无争议的技术概念，即合同项下的工程量已完成。

5、违约之争。无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件(如施工现场未能通水、通电、通路等)、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工、窝工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。

6、建筑材料品质之争。建设工程招投标时对工程主要建筑材料品质有所要求或承诺，但由于建筑材料市场供求关系的影响，有时使得承包方转而采用合同外的其他建材，因此引起结算纠纷是不可避免的。2003年上半年，由于国际市场的剧烈变动，建筑材料如钢材价格大幅度上涨，有的涨幅高达40%。而承包方进行建设工程投标时一般只考虑了5%的价格上涨幅度，最多不会超过10%。面对40%的涨幅，如果发包方与承包方未能达成谅解(或者提高工程款或者工程延期等待建材市场价格回落)，承包方就只能寻找低品质的替代品。最后因建筑材料品质引发工程款结算纠纷。

二、工程款纠纷怎么办？

双方协商。准备工程建设合同及相关资料，申请劳动仲裁部门主持，双方到劳动总裁部门协商解决，坚持底线利益不受损失。如果意见不一致就可以起诉到法院。

准备起诉阶段。可以先去找当地司法部门的法律援助中心或者律师咨询，准备起诉需要的材料，了解起诉程序等。

聘请律师。撰写起诉材料，直接向当地法院起诉，等待法院开庭审理，特别要收齐相关工程施工的佐证材料，确保证据充分能打赢官司。