(一)社会属性的区别

司法鉴定结论由社会鉴定机构作出，司法鉴定机构由司法行政管理部门审批设立，司法行政部门审批的法律依据是全国人大常委会作出的《关于司法鉴定管理的决定》。因此，司法鉴定属于社会科学中的法学范畴。

医疗事故鉴定结论由各级医学会下设的医疗事故鉴定委员会作出，医疗事故鉴定委员会成员由医学专家组成，医疗事故鉴定委员会设立的法律依据是《医疗事故处理条例》，《医疗事故处理条例》由国务院颁布，因此，医疗事故鉴定应该属于国家行政法规范畴。《医疗事故处理办法》时期，有人将医疗事故鉴定称为老子给儿子鉴定，现在，医疗鉴定仍然没有完全从行政机关中脱胎，可以称为兄弟给兄弟鉴定。另外，医疗事故鉴定运用医学知识，医学属于自然科学，医疗事故鉴定也当然属于自然科学领域。

(二)组织方式区别

司法鉴定由社会鉴定机构进行，鉴定人须经司法行政管理机关核准注册，鉴定需2人以上，涉及专科、专业技术问题可向专家咨询，最终由鉴定人签发鉴定意见书。

医疗事故鉴定由各级医学会组织进行，设区的市级和省、自治区、直辖市直接管辖的县市级地方医学会负责组织首次鉴定，省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定。医学会建立专家库，专家库依据学科专业组名录设置学科专业组。中华医学会负责全国疑难、复杂、重大影响的医疗纠纷争议案件的鉴定。

(三)鉴定程序的区别

1.启动程序的区别

司法鉴定可接受单方申请，而医疗事故鉴定不接收单方申请，需医患双方共同申请，或卫生局指定，或司法机关委托;

2.听证程序的区别

司法鉴定可以凭借委托人提供的资料进行鉴定，可以不组织听证，可进行单方书面审查，也可以邀请相对人参加听证。而医疗事故鉴定必须由双方提供资料并进行双方参加的听证。

3.管辖区别

司法鉴定不受地域限制，没有级别限制。而医疗事故鉴定由发生事故所在地的地市级医学会进行首次鉴定，需要再次鉴定的，由省、自治区、直辖市医学会进行。中华医学会鉴定程序不是必须的鉴定。

4.鉴定时限的区别

司法鉴定一般应在15日内出具鉴定书，需延长的可至30日，经鉴定人批准并征得委托人同意，最长不得超过60日。医疗事故鉴定在鉴定7日前，将时间、地点、要求以书面方式通知双方当事人，自接到材料之日起，45日内组织鉴定并出具鉴定书。

5.鉴定人签字区别

司法鉴定的鉴定人必须在鉴定书上签字。而医疗事故参加鉴定的专家不在鉴定书签字。

6.专业咨询区别

司法鉴定对于专业专科技术问题可以咨询本地或外阜的专业专家。而医疗事故鉴定一般由隶属的专家库专家参与鉴定，当本专家库专家人数不足时，可委托另一医学会进行。

7.签发程序区别

司法鉴定鉴定文书由鉴定人签发，需要时，由授权复核核发。医疗事故鉴定由鉴定专家组组长签发。

8.鉴定检材区别

司法鉴定依委托人提供的检材资料进行鉴定，条件允许和必要时，鉴定人可进行尸体解剖提取病理检材，进行病理药物化验分析;医疗事故鉴定时，医学会不组织尸体解剖，不制作检材，依靠委托人提供的检材和资料进行论证分析。司法鉴定可做文证审查，医疗事故鉴定时，没有解剖影响死因认定的，医学会不接受委托，不作文证审查意见书。

(四)鉴定研究方向及研究内容区别

司法鉴定研究的方向一般是医疗结果，针对患者的异议，就其医疗结果进行因果关系参与度分析。其所研究的内容是人体是否受到侵害、侵害程度、医疗终结时间、护理人数及期限、营养需要情况及因果关系参与度。

医疗事故鉴定研究的方向是，医疗行为是否违反了法律法规和技术操作规范，其所研究的内容是构成事故与否、事故等级、事故责任程度、医疗护理建议等。

两者本质的区别，一个是研究人体生命健康权益，而另一个则是研究医疗行为是否合法规范。

(五)法庭质证中的区别

司法鉴定的鉴定人在法庭需要时，必须出庭接受质询，否则鉴定结论将不被采信。而参加医疗事故鉴定的专家没有出庭接受质询的案例。