一、生效的船舶碰撞仲裁协议可以起诉吗？

可以进行起诉。

二、船舶碰撞诉讼案件中特有的证据规则

1、海事证据的固定和保密

《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》第82条规定，审理船舶碰撞案件时，原告在起诉时、被告在答辩时，应当如实填写《海事事故调查表》，第84条规定当事人应当在开庭审理前完成举证。这是船舶碰撞案件中对证据的固定和保密的要求。因为如前所述，船舶碰撞发生后，没有碰撞的现场，也不可能在周边环境中留下碰撞的轨迹，这一切使得直接有效的证据的获得变得异常困难，往往只有双方证人的陈述，甚至只有单方证据；而当事人从其本身利益出发，所提供的证据真伪掺杂。为此，船舶碰撞案件对证据的固定和保密提出了严格的要求，主要反映在以下几个方面：

（1）双方当事人严格按照法律规定的举证时限提供证据，如实填写《海事事故调查表》，在当事人不提供或者逾期提供证据时认定其举证不能；

（2）海事法院向当事人送达起诉状或者答辩状时，不附送有关证据材料；

（3）当事人完成举证并向海事法院出具完成举证说明书后，才可以申请查阅他人提供的有关船舶碰撞的事实证据材料，而不适用庭前证据交换或证据披露等一般民事诉讼证据规则；

（4）除有新的证据并有充分理由说明该证据不能在举证期间内提交的以外，当事人不能推翻其在《海事事故调查表》中的陈述和已经完成的举证。这些证据规则显然有重要意义。第一，可以防止当事人滥用诉讼权利，故意不提供证据拖延诉讼，或者采取向对方当事人突然提出新证据等诉讼突袭行为，从而有利于实现诉讼公正；第二，防止在当事人查阅了对方资料后，再篡改或伪造书证或提供虚假证人证言等不公正行为的发生，以便于查清船舶碰撞事实真相，正确解决纠纷。

2、当事人的证明责任

船舶碰撞案件中，原、被告应当填写和提交《海事事故调查表》，并提交有关证据加以佐证。同时，原、被告还应提交下列证据：当事人的船舶所有权证书和船舶国籍证书；当事船舶的船舶检验证书和适航证书；当事船舶的航行签证簿和营运许可证或类似文件；当事船舶在航行中的航行日志、甲板、轮机、车钟、电台、雷达等原始记录或类似文件；当事船舶罗经差表和碰撞时所使用的原始海图及自动航向记录；当事船舶的船长值班驾驶员、轮机员的适任证书、船员人数、名单、地址及相应的职务证书；海事事故发生水域的气象、水文情况等证明材料；当事船舶的海事报告或海事声明；当事船舶的海损检验报告；当事船舶发生海事事故时在场证人的证言等。