与分公司签合同由总公司付款，具体由分公司还是总公司付款也可以在签署的劳动合同之中约定。签署的合同之中应该包括以下内容：

合同应做到内容合法、条款齐全、文字清楚、表述规范、权利义务和违约责任明确、期限和数字准确，应包括：

1、合同名称；

2、甲乙方名称及地址，经办人联系电话；

3、甲乙方法定代表人或其合法代理人签字、合同专用章；

4、合同签订日期；

5、标的（内容）；

6、数量、质量；

7、价款或酬金（工程计价方法、工程款支付方式）；

8、履约方式、地点、费用的承担；

9、违约责任（甲乙方权利和义务）；

10、生效、失效条件；

11、争议解决的方法；

12、合同的份数及附件；

13、保密条款（视合同性质需要）；

14、质量保修协议书；

15、安全协议书；

16、廉政协议书。

一、设立分公司应该提交的材料包括哪些

1、《企业设立登记申请书》《企业设立登记申请表》、《投资者名》、《企业负责人登记表》、《企业经营场所证明》等表格；

2、《名称预先核准申请书》及《企业名称预先核准通知书》；

3、《指定（委托）书》；

4、总公司拨款证明；

5、公司对分公司负责人的任命文件，负责人不是本地的需要提供暂住证复印件；

6、加盖公司公章的《企业法人营业执照》复印件；

7、总公司章程（应提交经公司登记机关备案并己加盖登记机关菱形章的章程）复印件；

8、公司拨付给分公司使用的资金数额证明文件；

二、分公司有哪些特征

1、分公司是由隶属公司依法设立的；

2、分公司没有自己独立的财产，与隶属公司在经济是统一核算，其在经营活动中的负债由隶属公司负责清偿。其实际占有和使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。

3、分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。

4、分公司不独立承担民事责任，没有自己的章程，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关；

5、分公司没有独立的名称，其名称只要在总公司名称后加上分公司字样即可。

《公司法》第十四条【分公司与子公司】公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。