治疗期间并不影响工伤认定的申请。可以按以下流程申请工伤认定：

1、申报

(1)单位申请

职工发生伤亡事故后，用人单位应当立即向当地劳动保障保障行政部门和工伤保险经办机构报告，并填报《事故伤害报告表》。同时，应在伤亡事故发生或职业病确认诊之日起30日内填表写并提交《工伤认定申请表》和首诊病历本、旁证材料、身份证等有关材料。

未参加工伤保险的用人单位应提交用人单位的营业执照复印件或工商行政管理部门出具的查询证明。

(2)职工或直系亲属申请

用人单位未在规定期限申请认定的，职工或直系亲属可在伤亡事故或职业病确诊之日起一年内直接向劳动保障行政部门提出工伤认定申请。

2、受理

如职工或其直系亲属的申请超过一年的期限，或不符合管辖权规定，劳动保障行政部门将不予受理，出具《不予受理决定书》。如申请材料不全的，劳动保障行政部门当场或在7个工作日内以书面形式一次性告知申请人。

3、调查

对职工或直系亲属提出工伤认定申请的，劳动保障行政部门对用人单位发出《工伤认定协查通知书》，要求单位提供相关材料，单位应在规定期限内如实提供情况和有关证据，在规定的时间内未能提出相反证据的，视为对职工或其直系亲属提供的证据材料无异议。

一、工伤认定有哪些注意事项？

1、迅速确定工伤发生单位名称

单位没有为员工购买工伤保险，用人单位承担全部工伤赔偿责任，基本上不可能主动为员工申请工伤认定，甚至百般逃避工伤赔偿责任。即使购买了工伤保险，用人单位仍然需要承担部分赔偿责任，也存在不会积极主动的去申请工伤认定的可能性。

2、用人单位不申请工伤认定，自己必须申请

不管是否参加工伤保险，工伤认定都是处理工伤非常重要的一个环节。工伤认定首先是用人单位的义务，在用人单位不在规定期限内申请工伤认定的，工伤职工、近亲属等可以在一年内申请。由于申请工伤认定有确定的期限，超过期限劳动保障行政部门将不予受理，追索工伤保险待遇也将得不到仲裁、法院的支持。所以，不要轻信用人单位没有虚假的或没有诚意的承诺，以免错过申请工伤认定的期限。

3、调解需了解伤残级别和计算标准

协商解决多发生在单位没有参加工伤保险的情形下。由于申报工伤有可能影响单位将来的工伤保险缴费比例或受到相关部门的处罚，用人单位往往不申请工伤认定和劳动能力鉴定，就直接要求协商赔偿数额，工伤职工或其亲属为了使工伤赔偿早日处理完毕，也多采取迎合的态度。

按照有关规定，工伤认定的申请主体可以是企业，也可以是职工本人，不管哪种方式，工伤认定申请流程基本都差不多。由单位申请的，职工应该向单位提出，并提及工伤认定申请书，然后单位携带有关资料再向劳动行政部门提出。而职工本人申请的，则直接带着资料向行政部门提出即可。