当集体合同发生利害冲突时，可以通过协商、政府协调等方法可以解决，当然，也可以和当事人提起诉讼，可由人民法院裁判解决。

第一，协商解决集体合同纠纷。协商解决集体合同纠纷是指企业工会在自愿的基础上，互相体谅，按照法律法规解决双方纠纷。

第二，协调解决集体合同纠纷。协调解决集体合同纠纷是指在当地人民政府劳动行政部门会同有关部门通过调解，使集体合同当事人双方解决纠纷。

第三，集体合同争议的仲裁。集体合同争议仲裁是指劳动争议仲裁机关对集体合同纠纷的仲裁。它既不同于当地人民政府行政部门协调解决，也不同于法院的审判，它是具有法律效力的行政措施。

第四，集体合同纠纷的审判，集体合同争议的审判是指人民法院审理集体合同争议案件的活动。目前我国集体合同争议案件，一般通过行政手段加以解决。

法律依据：《集体合同规定》第四十九条集体协商过程中发生争议，双方当事人不能协商解决的，当事人一方或双方可以书面向劳动保障行政部门提出协调处理申请；未提出申请的，劳动保障行政部门认为必要时也可以进行协调处理。

一、集体合同纠纷怎样解决

根据《劳动合同法》第56条规定：用人单位违反集体合同，侵犯职工劳动权益的，工会可以依法要求用人单位承担责任；因履行集体合同发生争议，经协商解决不成的，工会可以依法申请仲裁、提起诉讼。协商解决是处理履行集体合同争议的必用方式和必经程序。由工会出面代表劳动者与用人单位协商，可以避免单个劳动者的弱势地位，能够与用人单位更平等、更有效地进行协商。

工会依法要求用人单位履行集体合同的，用人单位应当继续履行，并对之前违反集体合同的行为承担法律责任。其次，协商解决不成的，工会可以代表全体职工，将履行集体合同的争议申请仲裁或者提起诉讼。

工会可以选择或裁或审的两种途径，仲裁不再是提起诉讼的必经程序，这与劳动法的规定明显不同。《劳动法》第84条第2款规定：因履行集体合同发生争议，当事人协商解决不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼。

以往的实践表明，《劳动法》和《中华人民共和国企业劳动争议条例》所规定的仲裁程序前置容易造成劳动者权益遭受侵害的状况长期得不到解决。而在发生集体合同争议的情况下，众多劳动者的合法权益都会遭受损害，这种状况长期得不到解决，会危害到劳动关系的稳定和社会秩序的安定。

因此，劳动合同法规定因履行集体合同发生争议时，协商解决不成的，工会可以代表劳动者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，由受理该集体合同争议案件的劳动争议仲裁委员会依照《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》有关规定进行审理，或者在不申请仲裁的前提下，协商解决集体合同争议不成的，工会还可以直接向法院提起诉讼，由受理该集体合同争议案件的人民法院的民事审判庭，依照民事诉讼法的有关规定进行处理。

二、订立集体合同应遵循的原则

1、遵守法律、法规、规章及国家有关规定。

2、相互尊重，平等协商。

3、诚实守信，公平合作。

4、兼顾双方合法权益。

5、不得采取过激行为。